Logo
Information on SUBCLASS 5.6.1
Subclass Accession number: 2451
Subclass: 5.6.1 PSSM
Type: HH alpha-alpha
DB: ArchDB40

Image coordinates: Rasmol PDB Jmol PDB
Consensus coordinates: Rasmol PDB Jmol PDB
Number of loops: 12

Average sequence ID (%) : 15.8 +/- 15.8
Average RMSD (Å) : 0.842 +/- 0.223

Consensus geometry
d (Å): 17 delta (°): 90-135 theta (°): 45-90 rho (°): 0-45
Consensus Sequence: XXGXphpXp
(φψ)-conformation: aagbbppaa
Pattern: xxx[adkqst][DGS]x[dknrwy][ALPTV][dkpst]x[degps][egqrt][ailvw]x
Conservation:-0.293-0.971-0.583-0.0373.114-0.138-0.2990.6350.431-0.672-0.078-0.073-0.178-0.859
Loops included in this Subclass
LoopPDBChainStartEndSequenceSec StructRamachandran
1eaf_*_4541eaf   -457470AKKAGVKLTVLPLLHHHTT----HHHHHaaaavbbbbaaaaa
1ezv_A_3821ezv   A393406VLIKGSKLSLGEAFHHHHSS---HHHHHaaaavbbxxaaaaa
1hl2_A_1401hl2   A140153PARSGVKLTLDQINHHHH-----HHHHHaaaavxxxxaaaaa
1hr6_B_3911hr6   B402415VVTTGKRLSPEEVFHHHHSS---HHHHHaaaavbbxxaaaaa
1l0l_B_3751l0l   B386399ALAAGSYTPPSTVLHHHHSS---HHHHHaaaavbbbxaaaaa
1mn8_A_161mn8   A2336AHNQSVDVKKRRWVHHHTT----HHHHHaaaavbbbxaaaaa
1nqk_A_1131nqk   A116129LAGDGVFLDHSERYHHHHT----TTHHHaaaagbbbxaaaaa
1o5k_A_1351o5k   A135148PGRTGVNVLPETAAHHHHS----HHHHHaaaavbbxxaaaaa
1on3_A_2061on3   A210223KSVTGEDVTADELGHHHH-----HHHHHaaaavxbbxaaaaa
1r4v_A_291r4v   A3750RTELDIDLTDETIEHHHH-----HHHHHaaaavbxxbaaaaa
1rhc_A_1091rhc   A113126VPVTGEWPSVPVRQHHHH-----HHHHHaaaavbbwxaaaaa
1rzh_M_2431rzh   M253266RWTMGFNATMEGIHHHHHS----TTHHHaaaavbbbbaaaaa
PDB ligands within a cut-off distance of 6 Å in this subclass
LoopPDBChainLigandsResidue
1on3_A_2061on3   A     MCAMETHYLMALONYL-COENZYME A Q - 207
1on3_A_2061on3   A     DXXMETHYLMALONIC ACID Q - 207
1on3_A_2061on3   A     DXXMETHYLMALONIC ACID V - 208
1r4v_A_291r4v   A     MSESELENOMETHIONINE F - 29
1r4v_A_291r4v   A     CACCACODYLATE ION F - 29
1r4v_A_291r4v   A     CACCACODYLATE ION D - 30
1r4v_A_291r4v   A     MSESELENOMETHIONINE K - 31
1r4v_A_291r4v   A     CACCACODYLATE ION K - 31
1r4v_A_291r4v   A     MSESELENOMETHIONINE L - 32
1r4v_A_291r4v   A     MSESELENOMETHIONINE D - 33
1r4v_A_291r4v   A     ZNZINC ION D - 33
1r4v_A_291r4v   A     CACCACODYLATE ION D - 33
1r4v_A_291r4v   A     ZNZINC ION H - 34
1r4v_A_291r4v   A     CACCACODYLATE ION H - 34
1r4v_A_291r4v   A     MSESELENOMETHIONINE Y - 35
1r4v_A_291r4v   A     MSESELENOMETHIONINE F - 36
1r4v_A_291r4v   A     ZNZINC ION R - 37
1r4v_A_291r4v   A     CACCACODYLATE ION R - 37
1r4v_A_291r4v   A     MSESELENOMETHIONINE L - 40
1r4v_A_291r4v   A     MSESELENOMETHIONINE L - 44
1r4v_A_291r4v   A     ZNZINC ION L - 44
1r4v_A_291r4v   A     ZNZINC ION D - 46
1r4v_A_291r4v   A     MSESELENOMETHIONINE T - 48
1r4v_A_291r4v   A     MSESELENOMETHIONINE L - 51
1r4v_A_291r4v   A     MSESELENOMETHIONINE L - 52
1r4v_A_291r4v   A     MSESELENOMETHIONINE L - 53
1r4v_A_291r4v   A     MSESELENOMETHIONINE S - 55
1r4v_A_291r4v   A     MSESELENOMETHIONINE V - 56
1r4v_A_291r4v   A     MSESELENOMETHIONINE F - 60
1rhc_A_1091rhc   A     F42COENZYME F420 N - 111
1rhc_A_1091rhc   A     ACNACETONE N - 111
1rhc_A_1091rhc   A     F42COENZYME F420 E - 112
1rhc_A_1091rhc   A     F42COENZYME F420 V - 122
1rhc_A_1091rhc   A     F42COENZYME F420 R - 125
1rhc_A_1091rhc   A     F42COENZYME F420 Q - 126
1rzh_M_2431rzh   M     U10UBIQUINONE-10 A - 245
1rzh_M_2431rzh   M     U10UBIQUINONE-10 A - 248
1rzh_M_2431rzh   M     U10UBIQUINONE-10 A - 249
1rzh_M_2431rzh   M     U10UBIQUINONE-10 L - 250
1rzh_M_2431rzh   M     BPHBACTERIOPHEOPHYTIN A F - 251
1rzh_M_2431rzh   M     BPHBACTERIOPHEOPHYTIN A W - 252
1rzh_M_2431rzh   M     U10UBIQUINONE-10 W - 252
1rzh_M_2431rzh   M     U10UBIQUINONE-10 R - 253
1rzh_M_2431rzh   M     LDALAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE R - 253
1rzh_M_2431rzh   M     HTOHEPTANE-1,2,3-TRIOL R - 253
1rzh_M_2431rzh   M     BPHBACTERIOPHEOPHYTIN A T - 255
1rzh_M_2431rzh   M     U10UBIQUINONE-10 T - 255
1rzh_M_2431rzh   M     BPHBACTERIOPHEOPHYTIN A M - 256
1rzh_M_2431rzh   M     U10UBIQUINONE-10 M - 256
1rzh_M_2431rzh   M     HTOHEPTANE-1,2,3-TRIOL M - 256
1rzh_M_2431rzh   M     U10UBIQUINONE-10 G - 257
1rzh_M_2431rzh   M     LDALAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE G - 257
1rzh_M_2431rzh   M     HTOHEPTANE-1,2,3-TRIOL G - 257
1rzh_M_2431rzh   M     U10UBIQUINONE-10 F - 258
1rzh_M_2431rzh   M     LDALAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE F - 258
1rzh_M_2431rzh   M     HTOHEPTANE-1,2,3-TRIOL F - 258
1rzh_M_2431rzh   M     U10UBIQUINONE-10 N - 259
1rzh_M_2431rzh   M     U10UBIQUINONE-10 A - 260
1rzh_M_2431rzh   M     U10UBIQUINONE-10 T - 261
1rzh_M_2431rzh   M     FE2FE (II) ION M - 262
1rzh_M_2431rzh   M     U10UBIQUINONE-10 M - 262
1rzh_M_2431rzh   M     CDLCARDIOLIPIN E - 263
1rzh_M_2431rzh   M     FE2FE (II) ION I - 265
1rzh_M_2431rzh   M     U10UBIQUINONE-10 I - 265
1rzh_M_2431rzh   M     FE2FE (II) ION H - 266
1rzh_M_2431rzh   M     U10UBIQUINONE-10 H - 266
1rzh_M_2431rzh   M     CDLCARDIOLIPIN R - 267
1rzh_M_2431rzh   M     U10UBIQUINONE-10 W - 268
1rzh_M_2431rzh   M     LDALAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE W - 268
1rzh_M_2431rzh   M     CDLCARDIOLIPIN I - 270
1rzh_M_2431rzh   M     LDALAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE W - 271
1rzh_M_2431rzh   M     CDLCARDIOLIPIN W - 271
1rzh_M_2431rzh   M     BCLBACTERIOCHLOROPHYLL A M - 272
1rzh_M_2431rzh   M     U10UBIQUINONE-10 M - 272
1rzh_M_2431rzh   M     LDALAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE M - 272
1rzh_M_2431rzh   M     BPHBACTERIOPHEOPHYTIN A A - 273
1rzh_M_2431rzh   M     BPHBACTERIOPHEOPHYTIN A V - 274
1rzh_M_2431rzh   M     CDLCARDIOLIPIN V - 274
1rzh_M_2431rzh   M     BPHBACTERIOPHEOPHYTIN A L - 275
1rzh_M_2431rzh   M     LDALAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE L - 275
1rzh_M_2431rzh   M     BCLBACTERIOCHLOROPHYLL A V - 276
1rzh_M_2431rzh   M     BPHBACTERIOPHEOPHYTIN A V - 276
1rzh_M_2431rzh   M     BCLBACTERIOCHLOROPHYLL A T - 277
1rzh_M_2431rzh   M     BPHBACTERIOPHEOPHYTIN A T - 277
1rzh_M_2431rzh   M     CDLCARDIOLIPIN L - 278
1rzh_M_2431rzh   M     BCLBACTERIOCHLOROPHYLL A T - 279
1rzh_M_2431rzh   M     BCLBACTERIOCHLOROPHYLL A G - 280
1rzh_M_2431rzh   M     BCLBACTERIOCHLOROPHYLL A G - 281
1rzh_M_2431rzh   M     BCLBACTERIOCHLOROPHYLL A I - 282
1rzh_M_2431rzh   M     CDLCARDIOLIPIN I - 282
1rzh_M_2431rzh   M     BCLBACTERIOCHLOROPHYLL A G - 283
1rzh_M_2431rzh   M     BCLBACTERIOCHLOROPHYLL A I - 284

Clusters included in this Subclass
CLUSTER: HH.5.27
CLUSTER: HH.6.17