File       : PianaInsertSQL.py
 Author     : R. Aragues & D. Jaeggi
 Creation   : 2003
 Contents   : subclasses for generating insert sql statements
 Called from: PianaDBaccess
 
=======================================================================================================
 
This class is used in the same way as PianaSelectSQL
 
Each of the subclasses creates an sql query string that can be used to insert information into Piana
 
This is done this way to generalize as much as possible the interaction of users with the database pianaDB.
 
A user that needs to insert information into pianaDB will not create the SQL statement himself, but will
use one of these classes, together with method insert_db_content() of class PianaDB
 
class PianaDBaccess integrates into a single and clear interface all the access to piana databases

Modules
		PianaGlobals

Classes
		PianaInsertSQL DeleteInteraction DeleteInteractionMethod DeleteInteractionProteinSource DeleteInteractionScores DeleteInteractionSourceDB InsertCellFitness InsertCog InsertGo InsertGo_term2term_distance InsertInteraction InsertInteractionFeatures InsertInteractionMethod InsertInteractionProteinSource InsertInteractionScores InsertInteractionSourceDB InsertProtein InsertProteinAttributeRelationship InsertProteinCathRelationship InsertProteinDBAliRelationship InsertProteinEMBLCode InsertProteinExternalCode InsertProteinInterProCode InsertProteinPIRCode InsertProteinPdbCode InsertProteinPianaCorrespondence InsertProteinPianaCounter InsertProteinScopRelationship InsertProteinSimilarity InsertProteinSwissAccessionCode InsertSpecies InsertUniprotInfo UpdateSpeciesKingdom UpdateTableColumn   class DeleteInteraction(PianaInsertSQL)     Generates sql statement to delete an interaction entry from table interaction     Static methods defined here: get_sqlquery(interactionPiana_value)   class DeleteInteractionMethod(PianaInsertSQL)     Generates sql statement to delete an interaction entry from table interactionMethod   It can be used to delete a particular interactionPiana or just those entries that belong to a specific source db or those with a method ID     - if interactionPiana_value 'not None' --> delete entries where interactionPiana = interactionPiana_value     - if sourceDBID_value 'not None' -->  delete entries where sourceDBID = sourceDBID_value     - if methodID_value 'not None' -->  delete entries where methodID = methodID_value   Only one argument can be 'not None'     Static methods defined here: get_sqlquery(interactionPiana_value=None, sourceDBID_value=None, methodID_value=None)   class DeleteInteractionProteinSource(PianaInsertSQL)     Generates sql statement to delete an interaction protein source entry from table interactionProteinSource   It can be used to delete a particular interactionPiana or just those entries that belong to a specific source db     - if interactionPiana_value 'not None' --> delete entries where interactionPiana = interactionPiana_value     - if sourceDBID_value 'not None' -->  delete entries where sourceDBID = sourceDBID_value   Only one argument can be 'not None'     Static methods defined here: get_sqlquery(interactionPiana_value=None, sourceDBID_value=None)   class DeleteInteractionScores(PianaInsertSQL)     Generates sql statement to delete an interaction scores entry from table interactionScores   It can be used to delete a particular interactionPiana or just those entries that belong to a specific source db     - if interactionPiana_value 'not None' --> delete entries where interactionPiana = interactionPiana_value     - if sourceDBID_value 'not None' -->  delete entries where sourceDBID = sourceDBID_value     Only one argument can be 'not None'     Static methods defined here: get_sqlquery(interactionPiana_value=None, sourceDBID_value=None)   class DeleteInteractionSourceDB(PianaInsertSQL)     Generates sql statement to delete an interaction entry from table interactionSourceDB   It can be used to delete a particular interactionPiana or just those entries that belong to a specific source db      - if interactionPiana_value 'not None' --> delete entries where interactionPiana = interactionPiana_value      - if sourceDBID_value 'not None' -->  delete entries where sourceDBID = sourceDBID_value   Only one argument can be 'not None'     Static methods defined here: get_sqlquery(interactionPiana_value=None, sourceDBID_value=None)   class InsertCellFitness(PianaInsertSQL)     Generates sql statement to insert information on table cell_fitness     Static methods defined here: get_sqlquery(fitnessScore_value, reaction_value, conditions_value, cellFitnessSource_value, proteinPiana_value)   class InsertCog(PianaInsertSQL)     Generates sql statement to insert information on table cog     Static methods defined here: get_sqlquery(cogID_value, cogDescription_value, cogFunction_value, cogSource_value)   class InsertGo(PianaInsertSQL)     Generates sql statement to insert information on table go     Static methods defined here: get_sqlquery(goID_value, go_name_value, go_acc_value, go_term_type_value, go_distance2root_value, goSource_value)   class InsertGo_term2term_distance(PianaInsertSQL)     Generates sql statement to insert distance between two terms     Static methods defined here: get_sqlquery(term1_id_value, term2_id_value, distance_value)   class InsertInteraction(PianaInsertSQL)     Generates sql statement to insert information on table interaction     Static methods defined here: get_sqlquery(proteinPianaA_value, isSourceA_value, proteinPianaB_value, isSourceB_value, interactionConfidence_value)   class InsertInteractionFeatures(PianaInsertSQL)     Generates sql statement to insert information on table interactionMethod     Static methods defined here: get_sqlquery(pubmedID_value, interactionPiana_value, sourceDBID_value)   class InsertInteractionMethod(PianaInsertSQL)     Generates sql statement to insert information on table interactionMethod     Static methods defined here: get_sqlquery(methodID_value, interactionPiana_value, sourceDBID_value)   class InsertInteractionProteinSource(PianaInsertSQL)     Generates sql statement to insert information on table interactionProteinSource     Static methods defined here: get_sqlquery(interactionPiana_value=None, proteinPianaSource_value=None, sourceDBID_value=None)   class InsertInteractionScores(PianaInsertSQL)     Generates sql statement to insert information on table interactionScores     Static methods defined here: get_sqlquery(interactionPiana_value, sourceDBID_value, equiv_nscore_value, equiv_nscore_transferred_value, equiv_fscore_value, equiv_pscore_value, equiv_hscore_value, array_score_value, array_score_transferred_value, experimental_score_value, experimental_score_transferred_value, database_score_value, database_score_transferred_value, textmining_score_value, textmining_score_transferred_value, combined_score_value)   class InsertInteractionSourceDB(PianaInsertSQL)     Generates sql statement to insert information on table interactionSourceDB     Static methods defined here: get_sqlquery(sourceDBID_value, confidenceAssignedSourceDB_value, interactionPiana_value)   class InsertProtein(PianaInsertSQL)     Generates sql statement to insert information on table protein     Static methods defined here: get_sqlquery(proteinPiana_value, tax_id_value, proteinSequence_value, proteinMD5_value, proteinSequenceLength_value, proteinMW_value, proteinIP_value)   class InsertProteinAttributeRelationship(PianaInsertSQL)     Generates sql statement to insert information on protein attributes relationship tables   the tables must follow the structure:   (currently for tables:   proteinCog_table proteinGo_table proteinEC_table  proteinSpecies_table  proteinDescription_table  proteinKeyword_table  proteinFunction_table  proteinSubcellularLocation_table )     Static methods defined here: get_sqlquery(attribute_relationship_table, attribute_value, proteinPiana_value, attributeSource_value)   class InsertProteinCathRelationship(PianaInsertSQL)     Generates sql statement to insert information of CATH to table proteinCath     Static methods defined here: get_sqlquery(cathID_value, res_start_value, res_end_value, segmentID_value, proteinPiana_value, source_value)   class InsertProteinDBAliRelationship(PianaInsertSQL)     Generates sql statement to insert information of DBAli clustering of pibase patches to table proteinDBAliCluster     Static methods defined here: get_sqlquery(dbali_cluster_id_value, proteinPiana_value, clustering_method_value, patch_residues_value, protein_dbali_cluster_source)   class InsertProteinEMBLCode(PianaInsertSQL)     Generates sql statement to insert protein information on tables that follow the structure:   code ID (external code, for example emblPID) proteinPiana  (internal piana protein code) version (number of version for the external code) codeSource  (name of origin of the data being inserted)   Instead of writing one class for each table, this class is designed to handle all these similar tables   current tables managed through this class are: emblAcc, emblPID     Static methods defined here: get_sqlquery(table_name, code_value, proteinPiana_value, version_value, codeSource_value)   class InsertProteinExternalCode(PianaInsertSQL)     Generates sql statement to insert protein information on tables that follow the structure:   codeID  (external code, for example swissprotID) (string) proteinPiana  (internal piana protein code) codeSource  (name of origin of the data being inserted)   Instead of writing one class for each table, this class is designed to handle all these similar tables. This is somehow dangerous, since we are hardcoding the order of the fields of the tables. If the order is changed, this class will not work... and we would need to de-generalize it to insert information separately in each table.   current tables managed through this class are: swissProt,  geneName, gi, protein_id_intDB_table     Static methods defined here: get_sqlquery(table_name, code_value, proteinPiana_value, codeSource_value)   class InsertProteinInterProCode(PianaInsertSQL)     Generates sql statement to insert protein information on tables that follow the structure:   code ID (external code, for example interProID) (string) proteinPiana  (internal piana protein code) description (description of codeID) (string) codeSource  (name of origin of the data being inserted)   Instead of writing one class for each table, this class is designed to handle all these similar tables   current tables managed through this class are: interPro     Static methods defined here: get_sqlquery(table_name, code_value, proteinPiana_value, description_value, codeSource_value)   class InsertProteinPIRCode(PianaInsertSQL)     Generates sql statement to insert protein information on tables that follow the structure:   code ID (external code, for example pirEntry) (string) proteinPiana  (internal piana protein code) isComplete boolean information about if the entry is either a complete protein (1) or a fragment(0). NULL when not known codeSource  (name of origin of the data being inserted)   Instead of writing one class for each table, this class is designed to handle all these similar tables   current tables managed through this class are: pirEntry, pirAcc     Static methods defined here: get_sqlquery(table_name, code_value, proteinPiana_value, isComplete_value, codeSource_value)   class InsertProteinPdbCode(PianaInsertSQL)     Generates sql statement to insert protein information on tables that follow the structure:   code ID (external code, for example PDB ID) (string) proteinPiana  (internal piana protein code) chain ID (specific to codeID) (string) codeSource  (name of origin of the data being inserted)   Instead of writing one class for each table, this class is designed to handle all these similar tables   current tables managed through this class are: pdb     Static methods defined here: get_sqlquery(table_name, code_value, proteinPiana_value, chain_value, codeSource_value)   class InsertProteinPianaCorrespondence(PianaInsertSQL)     Generates sql statement to generate the SQL statement that obtains the proteinPiana associated to a proteinMD5 in table proteinCorrespondence   This class is used to keep consistency of proteinPiana <--> proteinSequence between different versions of piana databases   Attention: not using it! Well... information is inserted, but coherence between different versions of piana databases is not maintained     Static methods defined here: get_sqlquery(proteinPiana_value, proteinMD5_value, tax_id_value)   class InsertProteinPianaCounter(PianaInsertSQL)     Generates sql statement to generate the SQL statement that obtains a new proteinPiana identifier from proteinPianaCounter table   After getting the new proteinPiana identifier, the method calling this class must make sure that the counter in increased by 1     Static methods defined here: get_sqlquery(proteinPiana_value)   class InsertProteinScopRelationship(PianaInsertSQL)     Generates sql statement to insert information of SCOP to table proteinScop     Static methods defined here: get_sqlquery(cf_value, sf_value, fa_value, proteinPiana_value, source_value)   class InsertProteinSimilarity(PianaInsertSQL)     Generates sql statement to insert  protein similarity information into table proteinSimilarity     Static methods defined here: get_sqlquery(proteinPianaA_value, proteinPianaB_value)   class InsertProteinSwissAccessionCode(PianaInsertSQL)     Generates sql statement to insert protein information on tables that follow the structure:   codeID  (external code, for example swissprotAccession) (string) proteinPiana  (internal piana protein code) isPrimary (boolean field 1 (primary id) or 0 (secondary id) codeSource  (name of origin of the data being inserted)   Instead of writing one class for each table, this class is designed to handle all these similar tables   current tables managed through this class are: swissAccession     Static methods defined here: get_sqlquery(table_name, code_value, proteinPiana_value, isPrimary_value, codeSource_value)   class InsertSpecies(PianaInsertSQL)     Generates sql statement to insert information on table species     Static methods defined here: get_sqlquery(speciesNCBIid_value, speciesName_value, speciesDescription_value, speciesSource_value, speciesKingdom_value=None)   class InsertUniprotInfo(PianaInsertSQL)     Generates sql statement to insert information on table uniprotInfo     Static methods defined here: get_sqlquery(proteinPiana_value, swissProtID_value, swissAccessionID_value, data_class_value, description_value, geneName_value, organism_value, organelle_value, proteinSequenceLength_value, proteinMW_value)   class PianaInsertSQL     General class for generating Piana SQL INSERT queries. All SQL queries inserting data into piana should be extensions of this class     Static methods defined here: get_sqlquery() Override this with the sql query that inserts the desired values   class UpdateSpeciesKingdom(PianaInsertSQL)     Generates sql statement to update the kingdom field in species table     Static methods defined here: get_sqlquery(speciesNCBIid_value, speciesKingdom_value=None)   class UpdateTableColumn(PianaInsertSQL)     Generates sql statement to insert information on table protein     Static methods defined here: get_sqlquery(proteinPiana=None, table=None, column=None, new_value=None)

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