PianaGraphNodeAttribute
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../../../../piana/code/Graph/PianaGraph/PianaGraphNodeAttribute.py

 File       : PianaGraphNodeAttribute.py
 Author     : R. Aragues & D. Jaeggi
 Creation   : 2003
 Contents   : class PianaGraphNodeAttribute (attribute specific to Piana for a Node)
 Called from: 
 
=======================================================================================================
 
This file implements class PianaGraphNodeAttribute, describing the attribute of a GraphNode, specific to PianaGraph

 
Modules
       
MySQLdb
PianaGlobals
copy
sys

 
Classes
       
GraphNodeAttribute.GraphNodeAttribute
PianaGraphNodeAttribute

 
class PianaGraphNodeAttribute(GraphNodeAttribute.GraphNodeAttribute)
    Class that implements attributes for Piana Nodes: accessing node values, setting values, ...
 
  Methods defined here:
__deepcopy__(self, memo)
__getnewargs__(self)
__getstate__(self)
__init__(self, proteinPiana_value, piana_access=None, mem_mode='onDemand')
"proteinPiana_value" is the proteinPiana of this node
 
"piana_access" is a PianaDBaccess object used to access the database
 
"mem_mode" can be:
--> onDemand: values are retrieved from DB only when they are needed, and then are stored in memory all remaining time
--> inMemory: values are retrieved from DB at initilisation and stored in memory all time
--> inFlight: values are retrieved from DB when are needed, but never are stored in memory
__setstate__(self, dict)
get_associated_node_ids_set(self)
get_associated_proteinPianas(self)
Returns the set of associated proteinPianas. The original one too
get_cell_location(self)
Returns a dictionary {location:None, location:None, ...} with the cellular locations for this node
get_descriptions(self)
returns the list of descriptions for this node
get_dic_cell_location(self)
Returns a dictionary {location:None, location:None, ...} with the cellular locations for this node
get_dic_descriptions(self)
returns the list of descriptions for this node
get_dic_functions(self)
returns the list of functions for this node
get_dic_keywords_appearing(self, user_keywords=[])
returns the list of user keywords that appear in the name, description or function of this protein
get_dic_special_labels(self)
returns the list of special labels for this node
 
if no special labels are found, returns empty list
get_dic_taxonomies(self)
Returns a dictionary {tax:None, tax:None, ...} with the taxonomies for this node
get_expression(self)
returns the expression (over_and_infra_expressed, over_expressed, infra_expressed or None) for this node
get_functions(self)
returns the list of functions for this node
get_isoelectric_point(self)
Returns the molecular weight of the protein
get_keywords_appearing(self)
returns the list of user keywords that appear in the name, description or function of this protein
get_molecular_weight(self)
Returns the molecular weight of the protein from the database
get_node_id(self)
overwrittes the method in GraphNodeAttribute, identifying this attribute with the proteinPiana
get_proteinPiana(self)
get_special_labels(self)
returns the list of special labels for this node
 
if no special labels are found, returns empty list
get_union_neighbours(self)
returns the set of neighbours for the unified node
 (ie. list of neighbours for all nodes that have been 'unified' into this node attribute)
merge_attribute(self, attribute_object, ignore_ids=0)
merges existing attribute with atribute_object passed as argument
 
certain characteristics of the node will only be merged in ignore_ids is 1,
since we are interested in having those characteristics filled
only when we are unifying the nodes (ie. the operation by which PIANA
decides which name will it use for the protein)

Methods inherited from GraphNodeAttribute.GraphNodeAttribute:
__eq__(self, other)
When defining new Attribute classes, the equality operator MUST be overridden.
Otherwise, adding further attributes to existing nodes in the graph may cause
duplicated attributes.

 
Data
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