El objetivo de este trabajo es obtener una conformación tridimendional mediante modelaje por homologia  de la cell-cycle regulation histidine triad (HIT) related protein  del Thermoplasma acidofillus (código de swissprot Q9HIK0). Para ahorraros (y ahorrarnos) esfuerzos memorísticos bautizamos a la susodicha con el nombre de Floripondio (y que a nadie se le ocurra meterse con el nombre).

    Para ello, utilizamos el progama Psi-Blast para encontrar sus amiguetes homólogos (los templates) en el mundo del Swissprot. Éstos fueron alineados mediante clustalw para así obtener una matriz oculta de Markov con el programa HMMER. Esta matriz nos da un perfil de las secuencias, y no sólo un alineamiento, por lo que el rango de información es más amplio, lo que nos permitirá buscar más amiguetes, esta vez en el PDB (homología estructural).

    Una vez tenemos buenos amigos, los reunimos en una fiesta. El programa STAMP nos permite superponerlos a todos en base a su estructura y extraer una nueva matriz oculta de Markov que en lugar de tener un perfil de las secuencias lo tendrá de las estructuras tridimensionales, ya que Swissprot sólo contiene información sobre la secuencia de la proteína en cuestión, mientras que PDB contiene información estructural.

    Este nuevo perfil será el que se utilizará para obtener el modelo tridimensional de Floripondio gracias al programa Modeller (le introducimos un aliniamiento de floripondio con sus amiguetes según la matriz oculta de Markov, y nos devuelve dos posibles modelos estructurales del querido floripondio).

    Pero como no es oro todo lo que reluce, comprobamos que es un modelo posible en la realidad a través de dos programas: Pro-check y ProsaII. El primero nos analiza si la disposición de los residuos es posible, mientras que el segundo nos da un perfil energético del modelo.

    Así nos enteramos que Floripondio necesitaba algunos arreglos. Recurrimos al programa Grumos, que aunque se hizo de rogar, acabó cediendo a nuestros deseos y nos optimizó el modelo. Una vez analizado el resultado del Pro-check y del ProsaII y viendo que eran satisfactorios, recurrimos por segunda vez al maestro Grumos y realizamos una dinámica molécular para comprobar si alguna parte de la proteína, especialmente el centro activo,  era susceptible a cambiar en determinadas condiciones. ¡Si hay un cambio de estructura importante es que algo nos falla!. Houston, tenemos un problema. Esperemos que esto no pase... La suerte está echada.

    Parece complicado, ¿no? En este bonito esquema se verá más claro.