~' g& &&#TNPPL2OMi & TNPP &&TNPP    &&--&&- $0A $AQ! $!Qb2 $2brB- $BrS- $Sc $ct $t- $- $- $ $- $- $- $( $(9 - $ 9I- $IZ*- $*Zj:- $:j{K- $K{\- $\l- $l}- $}- $- $ $- $- $- $!- $!1- $1B- $BR"- $"Rc3- $3csC- $CsT- $Td- $du- $uޱ- $ܰ- $ۯ- $ٮ- $ج- $֫- $ժ- $)ө- $): ѧ- $ :JЦ- $J[+Υ- $+[l<̣- $<l|Lˢ- $L|]ɡ- $]mǟ- $m~ƞ- $~ĝ- $Ü- $- $- $- $- $"- $"2- $2C- $CS#- $#Sd4- $4dtD- $DtU- $Uf- $fv- $v- $- $- $- $- $  $ - $*- $*; - $ ;L- $L\,- $,\m=- $=m}M $M}^- $^n- $n $ $ $&&&- & $&&-&& &&-&&&&- $0A $AQ! $!Qb2 $2brB- $BrS- $Sc $ct $t- $- $- $ $- $- $- $( $(9 - $ 9I- $IZ*- $*Zj:- $:j{K- $K{\- $\l- $l}- $}- $- $ $- $- $- $!- $!1- $1B- $BR"- $"Rc3- $3csC- $CsT- $Td- $du- $uޱ- $ܰ- $ۯ- $ٮ- $ج- $֫- $ժ- $)ө- $): ѧ- $ :JЦ- $J[+Υ- $+[l<̣- $<l|Lˢ- $L|]ɡ- $]mǟ- $m~ƞ- $~ĝ- $Ü- $- $- $- $- $"- $"2- $2C- $CS#- $#Sd4- $4dtD- $DtU- $Uf- $fv- $v- $- $- $- $- $  $ - $*- $*; - $ ;L- $L\,- $,\m=- $=m}M $M}^- $^n- $n $ $ $&- --&&&G&qw@ 8LSwUSw0- &Gy& --y -- @"Arialw@ LSwUSw0- .(2 fjMODELAT PER ESTRUCTURA!  .--lkl-- ojj@"Arialw@z 3LSwUSw0-  l..2 jCadascun daquests passos      . l.2 {es fa  . l.:2 "per separat amb els templates amb             . l.2  inhibidor    . l.2 j(1C1H i 1C9E) i     . l.2 amb els lliures      . l.2  (1DOZ i 1AK1)    . l. 2 *1) . l.32 jPDBtoSplitChain dels fitxers         . l.2 zde PDB . l. 2 ,*2) . l.2 ,j Aliniament 1   . l.2 , estructural    . l.2 ,< amb Stamp    . l. 2 K*3) . l.2 Kj Amb aquest   . l.2 Kes genera una    . l.2 Kpmatriu   . l.2 Ka partir dun    . l.2 K(model  . l. 2 Khde . l.2 KMarkov  . l. 2 j*4) . l. 2 jjAmb  . l. 2 jla  . l.2 jmatriu   . l.2 j es crea un    . l.2 j\ aliniament    . l.:2 j"estructural entre cada parella de           . l.2 j templates     . l. 2 j^i . l. 2 jla  . l.2  seqncia  . l.2  problema    . l. 2 *5) . l.-2 jAconvertMod dels fitxers      . l.2 Y de PDB de  . l.2  laliniament    . l. 2 *6) . l.2 jObtenci dels      . l. 2 dos . l.$2 models amb Modeller      . l. 2 *7) . l.2 j Rasmol dels     . l. 2 dos . l.2 models  . l. 2 *8) . l.:2 j"Avaluaci dels models amb ProsaII          . l. 2 i . l.2 Procheck . l. 2 *9) . l.2 j Topologia   . l. 2 , . l.2  optimitzaci   . l. 2 Ji . l.2 Udinmica dels     . l. 2 dos . l.2  models amb     . l.2  Grumos. Les    . l.2  condicions   . l. 2 8jsn . l. 2 8: .@"Arialw@ JLSwUSw0-  l. 2 Q- . l.N2 Q/TOPOLOGIA: single system, non inertial solvent            . l. 2 c- . l.2 c OPTIMITZACI  . l. 2 c) . l.g2 c5@: single system; steepest descent; 1000 steps in each run; temps               . l.2 c d'optimizaci    . l. 2 cW . l. 2 v10 . l. 2 vps . l. 2 v;s. l.2 vvalors k   . l.c2 v=de RCUTP (0.8nm), RCUTL (1.3nm), RSWI2 (10nm), RCUI2 (10nm).              . l. 2 -s. l. 2 DIN3  . l. 2 s . l.g2 @MICA: standard molecular dynamics; stop rotation and translation                    . l.2  ; temps de  . l.2 trajectk  . l. 2 2s . l. 2 ;ria3 . l. 2 M: . l. 2 1ps; . l.2 valors   . l.f2  ?de RCUTP (0.8nm), RCUTL (1.3nm), RSWI2 (10nm), RCUI2 (10nm); stn                . l.2  eps print  . l.g2 @general output :10; keep coordinates and energies; total time :                    . l.2 t10ps. .--"System 0-&TNPP &