Diapositiva PPT
Això implica els loops estiguin localitzats únicament a la part superior i inferior de la molècula.
El model 1 presentà loops amb un nombre major de residus i molts cops aquests interrompien estructures secundàries. Això ens feu predir que les energies d’aquest model serien més elevades. Crèiem a més li podia estar mancant una làmina b. El model 3 comptava amb una regió C’ de 12 Aa no modelada per absència de la mateixa als templates de partida. Això, i la possible manca d’una petita a-hèlix entre les làmines b2 i 3, el feren poc adient com a model candidat. El model 2 morfològicament comptava amb tots els elements esperats però la última de les làmines b es trobà interrompuda per un loop massa extens i mal modelat que crèiem va fer la resta de residus C’ adoptessin una conformació a artificial i/o poc favorable. Malgrat tot vam decidir realitzar un estudi dels angles de Ramachandran (Procheck) i les energies (ProsaII) per a tots els models.
Afortunadament, tots ells a excepció del model 1 en la seva regió C’,obtingueren valors d’energianegativa i, sorprenentment el model3 que en principi semblavarebutjable, fou l’energèticament mésestable (Fig. 2). Donat que elsmodels 2 i 3 comptaven ambcaracterístiques igualmentimportants, el primer en quant amorfologia i el segon en energia,i que crèiem podien complementar-se, vam decidir editar manualment un model convergentd’ambdós: estructures de la b1-b3 i a1-a2 del model 2 i de la b4-b5 i a3-a5 del model 3.
El nou model contava amb els 10 motius d’estructura secundària esperats: 5 làmines b i 5 a-hèlix alternats en disposició a la seqüència. No s’observen ponts disulfur entre els diferents elements estructurals (5Cys). A nivell estructural l’objectiu fou assolit, però calia encara fer un estudi