Diapositiva PPT
comparatiu de les energies entre els models de partida i el modelconvergent. Com pot apreciar-se en la Fig 3. el model editatmantenia la millor energia possible a cada tram, éssent entots ells negativa i per tant evidenciant un model altament estable.
El següent pas fou tractar de modelar amb Archtype aquellsloops del model convergent que tot i estar força fixes,presentaven una major variabilitat respecte a la resta: loops 5, 6 i7 (evidenciat per la diferència de temperatura entre diferentsformes del mateix model havent-les superposat). Malauradamentels loops resultaren massa llargs, 10, 8 i 8 residusrespectivament. Es van consultar a la base de dades elspatrons de loops recollits però lleugerament més curts (7 Aa) per tractar de veure si els de lanostramolècula podien ajustar-se a la seva seqüència. Tampoc vam poder seguir aquesta viaja que els loops recollits a la BD i els que volíem modelar resultaven força dispars en quant aseqüència i característiques fisicoquímiques.
Sí va poder-se però dur a terme una optimització energètica (Gromos) per tractar de buscarconformacions ajustades als paràmetres per defecte que resultessin energèticament mésfavorables (10 steps d’optimització). A la fi del procés vam dur a terme una novacomparacióenergètica (ProsaII) entre el model abans de passar per l’optimitzacióestructural i després de fer-ho en els steps 5 i 10. Com pot observar-se a la Fig. 4,s’aconseguí una millora energètica en la regió C’ que es va pronunciant a mesura queavancen en els steps d’optimització.
Amb l’optimització s’aconseguí anul.lar el nombre de residus de la proteïna que anteriormentvèiem a través de Procheck, tenien una disposició inadequada i els feia aparèixer com punts de “bad contacts”.