Diapositiva PPT
d’un mateix model no per una major oscil.lació funcional en la molècula, sinó per un pitjor modelat (major variabilitat en aquesta regió en els templates de partida de l’estratègia 3 què és de la que es prengué aquesta zona).
La dinàmica ens proporcionà dades per a la construcció de la gràfica de la Fig. 5. És de fet el que es coneix com estudi de bi-factor: variacions de temperatura per cada posició de la seqüència.
La molècula presentà valors de temperatura i per tant d’oscil.lació força homogenis i baixos. Apareixen 3 pics destacables, corresponents per posició als loops 2, 5 i 7. Els loops 5 i 7 com ja s’ha comentat probablement estiguin implicats la formació del centre actiu, i per tant l’acoblament i fixació de la molècula de FMN (flavin mono-nucleòtid). De forma general veiem també com les làmines b estan subjectes a un menor moviment que les a-hèlix (les primeres queden representades com valls). Aquestes diferències encara que subtils, poden venir donades pels següents factors: les làmines per una banda queden a l’interior de la molècula, de forma que tenen la possibilitat d’establir un major nombre d’interaccions amb un nombre d’elements superior que no pas les a-hèlix, que es troben predominantment exposades al solvent. Per altra banda, les làmines b presenten per dir-ho d’alguna manera un menor nombre de residus per volta que no pas les hèlix (2 residus vs 3.6), això fa que el nombre de ponts d’hidrògens que poden establir les làmines b