Diapositiva PPT
entre elles (inter-làmina) sigui lleugerament superior que les que poden establir les hèlix a nivell intracatenari. Un major nombre d’interaccions suposa una major rigidesa i per tant una menor oscil.lació ? valors més baixos al bi-factor.
Degut a que la zona amb un major grau de moviment a la molècula podia estar lligada al centre actiu i per tant a l’ancorament del cofactor FMN, vam voler afegir aquest element al model. Així podríem veure si l’hipòtesis de la que partíem era certa (alineament estructural i superposició d’un template cristal.litzat amb FMN amb el model de la dinàmica). Tal i com mostra la Fig. 6 el FMN queda ancorat tot just entre els loops 5 i 7, de forma que el raonament inicial podem dir resultà correcte. Si ens fixem, podrem veure com precisament la zona del loop 5 correspon al que s’anomena topological switchpoint (zona en la que estructures secundàries adjacents espacialment presenten una direcció oposada): l’hèlix 1 baixa oposadament a l’hèlix 3 (és la que segueix al loop 5). El loop 7 ha de tenir doncs un paper coadjuvant en la fixació de l’FMN.
Prosseguírem fent un estudi de les possibles interaccions del cofactor amb la flavodoxina. Vam buscar primer en la seqüència residus pròxims als loops 5 i 7 i les estructures secundàries adjacents que continguessin residus aromàtics i que són predominantment, els que poden establir interaccions hidrofòbiques amb l’anell isoaloxazina de l’FMN: Y57 i W59 del loop 5, F71 i F72 de a3, F89 b4, Y93, Y95 i F98 del loop 7. Tal i com pot observar-se a la Fig. 7, la majoria dels residus predits poden presentar interaccions hidrofòbiques a partir de les cadenes laterals amb l’anell de l’FMN (s’exceptuen les F71 i 72 de l’a3 que queden massa lluny de la zona de possible interacció).