CLUSTAL W(1.60) multiple sequence alignment

1pek               ----------------------AAQ-TNAPWGLAR-ISSTSPGTSTYYY--DESAGQGSC
probl1amb3_2       -----MNGEIRLIPYVTNE--QIMDVNELPEGIKVIK--------APEMWAKGVKGKNIK
probl1amb3         MNGEIRLIPYVT-------NEQIMDVNELPEGIKVIK--------APEMWAKGVKGKNIK
1av7               -------------------------AQTVPYGIPLIK--------ADKVQAQGFKGANVK
1scj               -------------------------AQSVPYGISQIK--------APALHSQGYTGSNVK
space              ------------------------------------------------------------
1pek_dssp          ----------------------???-?????????-?????????????--?????????
probl1amb3_2_dssp  -----??????????????--????????????????--------???????????????
probl1amb3_dssp    ????????????-------??????????????????--------???????????????
1av7_dssp          -------------------------????????????--------???????????????
1scj_dssp          -------------------------????????????--------???????????????

1pek               VYVIDTGIEASHPEFEGRAQMVKTY-------YYS-SRDGNGHGTHCAGTVGS-----RT
probl1amb3_2       VAVLDTGCDTSHPDLKNQIIGGKNFTD-DDGGKEDAISDYNGHGTHVAGTIAANDSNGGI
probl1amb3         VAVLDTGCDTSHPDLKNQIIGGKNFTDDDG-GKEDAISDYNGHGTHVAGTIAANDSNGGI
1av7               VAVLDTGIQASHPD-L-NVVGGASFV---A-G-EAYNTDGNGHGTHVAGTVAALDNTTGV
1scj               VAVIDSGIDSSHPD-L-NVRGGASFV---P-SETNPYQDGSSHGTHVAGTIAALNNSIGV
space              ------------------------------------------------------------
1pek_dssp          ?????????????????????????-------???-?????????????????-----??
probl1amb3_2_dssp  ???????????????????????????-????????????????????????????????
probl1amb3_dssp    ??????????????????????????????-?????????????????????????????
1av7_dssp          ??????????????-?-?????????---?-?-???????????????????????????
1scj_dssp          ??????????????-?-?????????---?-?????????????????????????????

1pek               YGVVKKTQLFGVKVL-DDNGSGQYSTIIAGMDFVASDKNNRNCPKGVVASLSLGG-GYSS
probl1amb3_2       AGVAPEASLLIVKVLGGENGSGQYEWIINGINYAVEQ----K---VDIISMSLGGPSDVP
probl1amb3         AGVAPEASLLIVKVLGGENGSGQYEWIINGINYAVEQ----K---VDIISMSLGGPSDVP
1av7               LGVAPSVSLYAVKVLN-SSGSGSYSGIVSGIEWATTN----G---MDVINMSLGGASGST
1scj               LGVSPSASLYAVKVLD-STGSGQYSWIINGIEWAISN----N---MDVINMSLGGPTGST
space              ------------------------------------------------------------
1pek_dssp          ???????????????-???????????????????????????????????????-????
probl1amb3_2_dssp  ?????????????????????????????????????----?---???????????????
probl1amb3_dssp    ?????????????????????????????????????----?---???????????????
1av7_dssp          ????????????????-????????????????????----?---???????????????
1scj_dssp          ????????????????-????????????????????----?---???????????????

1pek               SVNSAAARLQSSGVMVAVAAGNN--N---ADARNYSPASEPSVCTVGASDRYDRRSSFSN
probl1amb3_2       ELKEAVKNAVKNGVLVVCAAGNEGDGDERTEE-LSYPAAYNEVIAVGSVSVARELSEFSN
probl1amb3         ELKEAVKNAVKNGVLVVCAAGNEGDGDERTEE-LSYPAAYNEVIAVGSVSVARELSEFSN
1av7               AMKQAVDNAYARGVVVVAAAGNSG-NSGSTNT-IGYPAKYDSVIAVGAVDSNSNRASFSS
1scj               ALKTVVDKAVSSGIVVAAAAGNEG-SSGSTST-VGYPAKYPSTIAVGAVNSSNQRASFSS
space              ------------------------------------------------------------
1pek_dssp          ???????????????????????--?---???????????????????????????????
probl1amb3_2_dssp  ????????????????????????????????-???????????????????????????
probl1amb3_dssp    ????????????????????????????????-???????????????????????????
1av7_dssp          ????????????????????????-???????-???????????????????????????
1scj_dssp          ????????????????????????-???????-???????????????????????????

1pek               YGSVLDIFGPGTSILSTWIGGSTRSISGTSMATPHVAGLAAYLMTLG---------KTTA
probl1amb3_2       ANKEIDLVAPGENILSTLPNKKYGKLTGTSMAAPHVSGALALIKS-YEEESFQ--RKLSE
probl1amb3         ANKEIDLVAPGENILSTLPNKKYGKLTGTSMAAPHVSGALALIKS-YEE--ESFQRKLSE
1av7               VGAELEVMAPGAGVYSTYPTNTYATLNG-TMASPHVAGAAALILS-KHP-------NLSA
1scj               AGSELDVMAPGVSIQSTLPGGTYGAYNGTCMATPHVAGAAALILS-KHP-------TWTN
space              ------------------------------------------------------------
1pek_dssp          ???????????????????????????????????????????????---------????
probl1amb3_2_dssp  ?????????????????????????????????????????????-???????--?????
probl1amb3_dssp    ?????????????????????????????????????????????-???--?????????
1av7_dssp          ????????????????????????????-????????????????-???-------????
1scj_dssp          ?????????????????????????????????????????????-???-------????

1pek               ASACRYIADTANKGDLSNIPFGTV-NLLAYN----NYQA----------
probl1amb3_2       SEVFAQLIRRTL-PLD-IA-KTLAGNGFLYLTAPDELAEKAEQSHLLTL
probl1amb3         SEVFAQLIRRTL-PLD-IA-KTLAGNGFLYLTAPDELAEKAEQSHLLTL
1av7               SQVRNRLSSTAT-YL--GS-SFYYGKGLINVEAAAQ-------------
1scj               AQVRDRLESTAT-YL--GN-SFYYGKGLINVQAAAQ-------------
space              -------------------------------------------------
1pek_dssp          ????????????????????????-??????----????----------
probl1amb3_2_dssp  ????????????-???-??-?????????????????????????????
probl1amb3_dssp    ????????????-???-??-?????????????????????????????
1av7_dssp          ????????????-??--??-????????????????-------------
1scj_dssp          ????????????-??--??-????????????????-------------