CLUSTAL W(1.60) multiple sequence alignment

1pek               -----------------AAQ--TNAPWGLARISSTSPGTST-YYY--DESAGQGSCVYVI
1c9j               ---------------------AQSVPWGISRV--------QAPAAHNRGLTGSGVRVAVL
probl2amb2         -MNGEIRLIPYVTN-EQIMDV-NELPEGIKVI--------KAPEMWAKGVKGKNIKVAVL
probl2amb2_2       MNGEIRLIPYVTN-EQ-IMDV-NELPEGIKVI--------KAPEMWAKGVKGKNIKVAVL
space              ------------------------------------------------------------
1pek_dssp          -----------------???--???????????????????-???--?????????????
1c9j_dssp          ---------------------???????????--------????????????????????
probl2amb2_dssp    -?????????????-??????-??????????--------????????????????????
probl2amb2_2_dssp  ?????????????-??-????-??????????--------????????????????????

1pek               DTGIEASHPEFEGRAQMVKTY------Y-YSSRDGNGHGTHCAGTVGS-----RTYGVVK
1c9j               DTGI-STHPD-L-NIRGGASFV---PGE-PSTQDGNGHGTHVAGTIAALNNSIGVLGVAP
probl2amb2         DTGCDTSHPDLKNQIIGGKNFTDDDGGKEDAISDYNGHGTHVAGTIAANDSNGGIAGVAP
probl2amb2_2       DTGCDTSHPDLKNQIIGGKNFTDDDGGKEDAISDYNGHGTHVAGTIAANDSNGGIAGVAP
space              ------------------------------------------------------------
1pek_dssp          ?????????????????????------?-???????????????????-----???????
1c9j_dssp          ????-?????-?-?????????---???-???????????????????????????????
probl2amb2_dssp    ????????????????????????????????????????????????????????????
probl2amb2_2_dssp  ????????????????????????????????????????????????????????????

1pek               KTQLFGVK-VLDDNGSGQYSTIIAGMDFVASDKNNRNCPKG-VVASLSLGG-GYSSSVNS
1c9j               SAELYAVKV-LGASGSGSYSSIAQGLEWAGN---N-----GMHVASLSLGSPSPSATLEQ
probl2amb2         EASLLIVKVLGGENGSGQYEWIINGINYAVE---Q-----KVDIISMSLGGPSDVPELKE
probl2amb2_2       EASLLIVKVLGGENGSGQYEWIINGINYAVE---Q-----KVDIISMSLGGPSDVPELKE
space              ------------------------------------------------------------
1pek_dssp          ????????-????????????????????????????????-?????????-????????
1c9j_dssp          ?????????-?????????????????????---?-----????????????????????
probl2amb2_dssp    ???????????????????????????????---?-----????????????????????
probl2amb2_2_dssp  ???????????????????????????????---?-----????????????????????

1pek               AAARLQSSGVMVAVAAGNN----NADARNYSPASEPSVCTVGASDRYDRRSSFSNYGSVL
1c9j               AVNSATSRGVLVVAASGNSG---AGS--ISYPARYANAMAVGATDQNNNRASFSQYGAGL
probl2amb2         AVKNAVKNGVLVVCAAGNEGDGDERTEELSYPAAYNEVIAVGSVSVARELSEFSNANKEI
probl2amb2_2       AVKNAVKNGVLVVCAAGNEGDGDERTEELSYPAAYNEVIAVGSVSVARELSEFSNANKEI
space              ------------------------------------------------------------
1pek_dssp          ???????????????????----?????????????????????????????????????
1c9j_dssp          ????????????????????---???--????????????????????????????????
probl2amb2_dssp    ????????????????????????????????????????????????????????????
probl2amb2_2_dssp  ????????????????????????????????????????????????????????????

1pek               DIFGPGTSILSTWIGGSTRSISGTSMATPHVAGLAAYLMTL------GKTTAASACRYIA
1c9j               DIVAPGVNVQSTYPGSTYASLNGTSMATPHVAGAAALVKQKNP-----SWSNVQIRNHLK
probl2amb2         DLVAPGENILSTLPNKKYGKLTGTSMAAPHVSGALALIKSYEEESFQRKLSESEVFAQLI
probl2amb2_2       DLVAPGENILSTLPNKKYGKLTGTSMAAPHVSGALALIKSYEEESFQRKLSESEVFAQLI
space              ------------------------------------------------------------
1pek_dssp          ?????????????????????????????????????????------?????????????
1c9j_dssp          ???????????????????????????????????????????-----????????????
probl2amb2_dssp    ????????????????????????????????????????????????????????????
probl2amb2_2_dssp  ????????????????????????????????????????????????????????????

1pek               DTANKGDLSNIP-FGTV-NLLAYN--NYQA------------
1c9j               NTAT--S--L-GSTNLYGSGLVNAEAAAR-------------
probl2amb2         RRTL--PL-D-IAKTLAGNGFLYLTAPDELAEKAEQSHLLTL
probl2amb2_2       RRTL--PL-D-IAKTLAGNGFLYLTAPDELAEKAEQSHLLTL
space              ------------------------------------------
1pek_dssp          ????????????-????-??????--????------------
1c9j_dssp          ????--?--?-??????????????????-------------
probl2amb2_dssp    ????--??-?-???????????????????????????????
probl2amb2_2_dssp  ????--??-?-???????????????????????????????