Representació de la molècula

Cartoons: mostra la molècula en forma de cinta sòlida que recorre l'esquelet de la proteïna, indicant amb puntes de fletxa la direcció dels elements que en conformen l'estructura secundària (exemple).

Backbone: mostra l'esquelet del polipèptid com una sèrie d'enllaços que connecten els carbonis α adjacents de cada aminoàcid (exemple).

Ball & Stick: mostra tots els enllaços entre àtoms existents a la proteïna en forma de línia, així com els àtoms en forma d'esfera (exemple).

Ribbons: mostra la molècula en forma de cinta sòlida que recorre l'esquelet de la proteïna (exemple).

Spacefill: representa la molècula segons un model d'esferes, en el que per defecte cada àtom es representa per una esfera que té com a radi el seu radi de Van der Waals (exemple).

Sticks: mostra tots els enllaços entre àtoms existents a la proteïna en forma de línia gruixuda (exemple).

Strands: mostra la molècula en forma de cinta formada per corbes paral.leles que recorren l'esquelet de la proteïna en el plànol dels enllaços peptídics de cada residu (exemple).

Wireframe: mostra tots els enllaços entre àtoms existents a la proteïna en forma de línia fina (exemple).

Esquemes de color

Chain: assigna un color a cada una de les cadenes que composen la macromolècula. Permet distingir entre les diferents parts d'una estructura multimèrica o les diferents cadenes del DNA (exemple).

CPK: assigna colors als diferents àtoms basant-se en els colors dels models plàstics desenvolupats per Corey, Pauling i Kultun (exemple).

Group: acoloreix els residus segons la seva posició a la cadena. Dins de cada cadena, l'extrem N terminal és vermell, i canvia progressivament a taronja, groc, verd i blaus fins arribar al C terminal (blau fosc) (exemple).

Monochrome: per defecte, acoloreix tota la molècula de color grisós (exemple).

Shapely: assigna un color a cada aminoàcid segons les seves propietats, basant-se en els "Shapely Models" de Bob Fletterick (exemple).

Structure: acoloreix la molècula segons la seva estructura secundària. Les hèlix α són magenta, les làmines β grogues, els loops blau cel, i les regions sense estructura blanques (exemple).

Temperature: assigna un color a cada àtom segons la seva temperatura anisotròpica anotada al PDB. Dóna una mesura de la mobilitat de cada àtom, i per tant de la inseguretat que es trobi en una determinada posició. Els valors elevats es representen amb colors càlids (vermells) i els baixos de colors freds (blaus) (exemple).

Altres: a part d'aquestes combinacions de colors predeterminades, es poden assignar altres colors a tota l'estructura o part d'ella (veure apartat "Seleccionar regions") usant la comanda: colour color escollit (algunes versions també accepten color).

Seleccionar regions

Aminoàcids: RasMol permet seleccionar o bé un aminoàcid concret, o bé una sèrie d'aminoàcids, o tots els aminoàcids del mateix tipus, i otorgar-los una representació o color diferent de la resta de la molècula.

RasMol> select Pro121    (exemple)

RasMol> select 60-100    (exemple)

RasMol> select Cys    (exemple)

Cadenes: permet seleccionar una sola cadena i otorgar-li una representació o color diferent de la resta de la molècula.

RasMol> select *a    (exemple)

Estructures: permet seleccionar un element d'estructura secundària.

RasMol> select helix    (exemple)

RasMol> select sheet    (exemple)

Polaritat: permet seleccionar les regions polars i apolars.

RasMol> select hydrophobic    (exemple)

RasMol> select polar    (exemple)

Combinació de seleccions: és possible combinar dues de les seleccions anteriors, emprant el símbol &.

RasMol> select 60-100 & *a    (exemple)

RasMol> select polar & sheet    (exemple)

RasMol> select Gly & helix    (exemple)

Altres

Calcular distàncies: RasMol permet calcular la distància entre dos àtoms.

RasMol> pick distance    (exemple)

Identificar un residu: RasMol permet identificar un residu concret, clicant sobre ell en l'estructura de la molècula.

RasMol> pick ident    (exemple)

No mostrar part de la molècula: RasMol permet amagar part de la molècula, si aquesta està en format wireframe o backbone.

RasMol> wireframe off    (exemple)

RasMol> backbone off    (exemple)

Labels: identifica els residus seleccionats (exemple).

Detall de les comandes emprades per fer els exemples

Representació de la molècula: he seleccionat el format desitjat al menu "Displays", i el color al menu "Colours." Els colors emprats han estat CPK per als exemples de Ball & Stick, Spacefill, Sticks i Wireframe; i Structure per Cartoons, Backbone, Ribbons i Strands.

Esquemes de color: he seleccionat el color desitjat al menu "Colours", i el format al menu "Displays". Els formats emprats han estat Sticks per als exemples de Chain, CPK, Monochrome i Shapely; i Ribbons per Group, Structure i Temperature.

Aminoàcids exemple 1:

Ribbons (menu display)

RasMol> select Pro121

RasMol> colour green

Sticks (menu display)

Aminoàcids exemple 2:

Ribbons (menu display)

RasMol> select 60-100

RasMol> colour green

Sticks (menu display)

Aminoàcids exemple 3:

Ribbons (menu display)

RasMol> select Cys

RasMol> colour yellow

Sticks (menu display)

Cadenes:

Sticks (menu display)

RasMol> select *a

RasMol> colour pink

Sticks (menu display)

Estructures exemple 1:

Ribbons (menu display)

RasMol> select helix

RasMol> colour greenblue

Estructures exemple 1:

Ribbons (menu display)

RasMol> select sheet

RasMol> colour violet

Polaritat exemple 1:

Ribbons (menu display)

RasMol> select hydrophobic

RasMol> colour yellow

Polaritat exemple 2:

Ribbons (menu display)

RasMol> select polar

RasMol> colour blue

Combinació de seleccions exemple 1:

Ribbons (menu display)

RasMol> select 60-100

RasMol> colour green

Sticks (menu display)

RasMol> select 60-100 & a

Spacefill (menu display)

Combinació de seleccions exemple 2:

Ribbons (menu display)

RasMol> select polar & sheet

RasMol> colour cyan

Combinació de seleccions exemple 3:

Ribbons (menu display)

RasMol> select Gly

RasMol> colour blue

RasMol> select Gly & helix

Spacefill (menu display)

Calcular distàncies:

Ribbons (menu display)

RasMol> select Cys

Sticks (menu display)

RasMol> pick distance

No mostrar part de la molècula exemple 1:

Ribbons (menu display)

Structure (menu colours)

RasMol> select *b

Wireframe (menu display)

RasMol> wireframe off

No mostrar part de la molècula exemple 2:

Ribbons (menu display)

Structure (menu colours)

RasMol> select *a

Backbone (menu display)

RasMol> backbone off

Labels:

Ribbons (menu display)

Structure (menu colours)

RasMol> select Leu

Labels (menu options)