CERCA DE TEMPLATES
A partir de la seqüència problema es va fer un BLAST contra la base de dades de PDB per trobar els homòlegs que tinguéssin
estructura coneguda, degut a que les ADH estan molt conservades al llarg de
l’evolució en les diferents espècies, sent la seva seqüència i la seva
estructura molt similar.
Les condicions que es van utilitzar per fer
el blast van ser: 4 iteracions per assegurar la convergència de la seqüència
problema amb algun dels seus homòlegs estructurals (va convergir amb 1axe:
cavall). Entre les proteïnes que tenien l’ score més alt i l’ e-value més
petit, es van escollir les homòlogues cristal.litzades amb zinc i algun
nucleòtid (NAD,NADP):
|
PROTEÏNA |
SCORE |
E-VALUE |
|
Axe |
490 |
e-139 |
|
Ht0 |
478 |
e-135 |
|
Kev |
433 |
e-121 |
|
Ped |
433 |
e-121 |
|
Ykf |
431 |
e-121 |
|
Cdo |
405 |
e-113 |
|
E3i |
393 |
e-109 |
Per tal de fer l’anàlisi amb la seqüència problema es va
buscar informació sobre els templates a la base de dades SCOP. A partir d’això, es va escollir una sola
cadena per cada un d’ells, perquè la seqüència problema era un monòmer:
- Root: scop
- Class: All beta
proteins
- Fold: GroES-like
contains barrel, partly opened; n*=4, S*=8; meander - Superfamily: GroES-like
- Family: Alcohol
dehydrogenase-like, N-terminal domain
C-terminal domain is alpha/beta (classical Rossmann-fold) - Species:
|
Espècie |
Isoen-zims |
Entrada pdb |
Cadenes |
Cadena escollida |
Característiques
|
Ressolució cristal·logrà-fica |
|
Cavall
(Equus caballus) |
26 |
1axe |
A y B |
A:
1-174, 325-374 |
complexed
with etf, nad, zn; mutant (PHE93->TRP) |
2.00 A |
|
Humà (Homo sapiens) |
13 |
1ht0 |
A y B |
B:
1-174, 325-374 |
gamma-2
isozyme complexed with nad, zn; mutant |
2.00
A |
|
Ratolí
(Mus musculus), class II |
3 |
1e3i |
A y B |
A:
1-174, 325-376 |
complexed
with cxf, nad, zn |
2.08
A |
|
Bactèria
(Clostridium beijerinckii) |
2 |
1kev |
A, B, C y D |
A:
1-150, 315-351 |
complexed
with ndp, zn |
2.05 A |
|
“ |
“ |
1ped |
A, B, C y D |
A:
1-150, 315-351 |
complexed
with zn |
2.15
A |
|
Bactèria
(Thermoanaerobacter brockii) |
2 |
1ykf |
A, B, C y D |
D:
1-150, 315-352 |
complexed
with nap, zn |
2.50 A |
|
Bacallà (Gadus callarias) |
1 |
1cdo |
A y B |
B:
1-175, 325-374 |
complexed
with nad, zn |
2.05 A |
Les
seqüències fasta de les cadenes escollides de cadascun dels templates (seq.fa) es van obtenir de la base de dades PDB i posteriorment es va fer un SplitChain.
