MONÒMER

Per tal de tenir el model d’alceu1 optimitzat, unit als seus cofactors, es va seguir la següent estratègia:

S’escollí la cadena B de l’humà amb el Zn i NAD corresponent per superposar-los amb l’alceu optimitzat mitjançant el programa STAMP.

Amb el RASMOL s’analitzà la superposició (monomerh) i s’observà que les estructures eren molt semblants.

Per tal d’aconseguir el monòmer de l’alceu1 amb NAD i Zn (monomeralh) es van esborrar les coordenades del template humà en el fitxer pdb. Com l’humà té dos Zn en comptes d’un (com les bactèries) el model alceu també té dos Zn.

Degut a que l’ADH template humana és un dímer i les ADH templates de bactèries formen un tetràmer, es va decidir usar les bactèries, ja que l’alceu també forma un tetràmer. A més, si es fa un model amb bactèries, el model resultant serà més fidel a la realitat degut a que només tenen un ZN.

MODEL BASAT EN BACTÈRIA

Es va decidir fer el model amb el template kev degut a que era la bactèria amb cofactors més semblant a l’alceu que formava un tetràmer. El template kev té un zinc com l’alceu, però té NADP en comptes de tenir NAD. Tot i això, es va decidir fer el model a partir de les coordenades del Kev per poder construir el tetràmer.

MONÒMER

S’escollí la cadena C del kev amb el Zn i NADP corresponent per superposar-los amb l’alceu optimitzat mitjançant el programa STAMP.

Amb el RASMOL s’analitzà la superposició (monomerk) i s’observà que les estructures eren molt semblants.

Per tal d’aconseguir el monòmer de l’alceu1 amb NADP i Zn (monomer) es van esborrar les coordenades del template bacterià en el fitxer pdb.

DÍMER

S’agafà l’arxiu del model alceu1 optimitzat i es superposà amb la primera subunitat (1-351) del template mitjançant el programa STAMP. Aleshores es superposà aquest arxiu amb el tetràmer del template sencer amb el programa XAM. S’esborraren les coordenades del tetràmer i del template de la primera subunitat.

Es realitzà el mateix procediment amb la segona subunitat (352-702) del template.

En un mateix arxiu es juntaren els dos monòmers creats per tal de visualitzar el dímer amb el cofactor NADP i Zn amb RASMOL. El dímer resultant no va ser l’esperat ja que es van concentrar els dos monòmers en el centre de masses. Per tant, es va haver de canviar el procediment per construir el dímer de nou.

L’arxiu del model alceu1 optimitzat es superposà amb la primera subunitat del template amb el STAMP i amb el tetràmer sencer del template amb XAM.

Es va fer el mateix procediment superposant l’alceu amb la segona subunitat del template, unint-li després el tetràmer sencer.

Llavors es superposà els dos arxius creats (predímer) amb el programa XAM i després s’esborraren les coordenades dels dos tetràmers i de les dues subunitats del template.

Finalment es visualitzà el dímer del model amb RASMOL. (dimer)

TETRÀMER

Es crearen dos arxius com els predímer però amb la tercera (703-1053) i la quarta (1054-1404) subunitat del tetràmer del template.

S’utilitzaren els arxius predímer i es superposaren amb els generats al pas anterior amb el programa XAM.

S’esborraren les coordenades de tots els tetràmers i de les subunitats del template, deixant només l’alceu quadriplicat amb els cofactors corresponents a cada monòmer.

Es visualitzà el model tetràmer amb RASMOL. (tetramer)