MODELS SENSE RATOLÍ I BACALLÀ

 

 

MODEL SEQÜENCIAL

 

* Les seqüències FASTA de les proteïnes template es van alinear amb CLUSTALW (totes2.aln).

 

* L’alineament obtingut s’utilitzà per fer una matriu HMMER (build, calibrate i align) per trobar un perfil seqüencial de les ADH a partir de les homòlogues escollides que llençarem contra la seqüència ALCEU.  Aquest fitxer s’ha de transformar a format clustalw (seq.aln) i després a format pir per poder-lo introduir en el programa modeller.

 

* El programa MODELLER llegeix un arxiu top on s’especifica la seqüència problema, els templates en format pdb i l’arxiu en format pir per tal d’obtenir el model seqüencial de la proteïna alceu.

 

* El model va ser visualitzat amb RASMOL (rseq3.jpg)

                                                                                       

 

MODEL ESTRUCTURAL

  

* Els pdbs de les proteïnes template es van alinear estructuralment amb STAMP  i l’arxiu obtingut es transformà a format clustalw i després a format sp per visualitzar-lo al Rasmol. La superposició obtinguda era òptima per continuar endavant el modelatge perquè els templates eren molt semblants estructuralment.

 

* A partir del fitxer obtingut amb el Stamp modificat s’utilitzà per fer una matriu HMMER (build, calibrate i align) per trobar un perfil estructural de les ADH a partir de les homòlogues escollides (est.aln) que llençàrem contra la seqüència ALCEU (estestr.aln). Aquest fitxer s’havia de transformar a format clustalw i després a format pir per poder-lo introduir en el programa modeller.

 

* El programa MODELLER llegeix un arxiu top on s’especifica la seqüència problema, els templates en format pdb i el fitxer en format pir creat, per tal d’obtenir el model estructural de la proteïna alceu.

 

*  El model va ser visualitzat amb RASMOL (restr4.jpg)

 

 

 

ANÀLISI DELS MODELS OBTINGUTS

 

Es van analitzar els models obtinguts amb el programa PROSA per tal de saber si el plegament dels models millora energèticament respecte al model anterior.

 

* Els models seqüencials presentaven energia negativa al llarg de tota l’estructura excepte en la zona dels residus residus 90 a 130 amb un valor positiu. El model millorava respecte l’anterior perquè desapareixia el pic d’energia dels primers residus.

El millor model energèticament era el 3r (amb 0.6 energia). (sessionralseq.cmd)

 

* Els models estructurals també presentaren el pic d’energia positiva a la mateixa zona amb un valor entre 0.1 i 0.5 entre els residus 20 i 30.

El millor model energèticament era el 4rt (amb 0.15 d’energia) (sessioralestr.cmd).

 

El pic d’energia positiva era menor en el millor model estructural que en el seqüencial. Aquest resultat semblava més lògic que el de l’anterior model.

 

Per tal d’analitzar les estructures que els models tenien en la regió conflictiva es van visualitzar els models amb el programa RASMOL.

 

*  Els models seqüencials tenien loops i alguns presentaven estructures secundàries alfa. El millor model energèticament (3r) presentava un loop en la regió conflictiva. (rseq3.jpg)

 

* Els models estructurals presentaven diferents estructures secundàries (alfes i betes). El millor model energèticament era el 4rt, que presentava dues estructures alfa de 2 a 3 residus en el loop i el punt on l’energia era més elevada corresponia al troç de loop al costat d’una de les hèlix alfa. (restr4.jpg)

 

En aquest punt del treball es va abandonar el modelatge a partir de seqüència, ja que es va demostrar que el modelatge basat en l’estructura donava millors resultats. El següent pas era millorar el loop conflictiu del model estructural.