Analizando el B-factor de todo el sistema, se observa que éste es muy oscilante, por lo que, en general, toda la molécula es bastante variable, no habiendo zonas que destaquen especialmente por su variabilidad. Fijándose en la zona del loop se observa que el valor de B-factor no es muy elevado, en contra de lo que se esperaría. Fijándose en el valor del B-factor en la glicina 209, se observa que es un pico mínimo. Esto es coherente con el hecho de que la glicina sea un punto de bending entre la hélice 10 del primer dominio y la 1 del segundo; así, la glicina se mantiene fija mientras que las hélices adyacentes, con valores de B-factor mayores son las que se mueven.
La comparación de la gráfica del B-factor del modelo optimizado y del template son bastante diferentes, aunque se trate de la misma proteína. Puede explicarse debido a los sistemas tan diferentes en los que se encuentran las moléculas. El B-factor del template se ha obtenido de una estructura cristalográfica, mientras que el del modelo procede de una dinámica. Para obtener un valor d B-factor del modelo más concordante con el del template, habría que realizar la dinámica en un medio con agua y en un sistema periódico que simule las condiciones del cristal.
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