Pràctica 1
OBJECTIUS
Descriu les comandes de LINUX mé s habituals amb exemples:
Com copiar fitxers i directoris? com escriure fitxers? com canviar els noms i com canviar de lloc? com crear les teves variables d’entorn i executar-les?
Fes servir el rasmol:
Selecciona regions, calcula distàncies i guarda imatges. Comprova l’estructura secundaria i identifica els llocs polars i no polars segons els residus.

PRÀCTICA

1.-Comandes Linux
Quan comencem una sessió Unix, treballem sota el shell bash. bash utilitza el fitxer bashrc que contindrà els alias que hem creat. Podem treballar sota altres shells com poden ser tcsh. alias es una comanda que asigna un nom a una comanda del sistema. Un exemple que podem utilitzar per definir alias:

bash-2.05$ alias rmdir = 'rm -r' (Podrem utilitzar per esborrar directoris, la comanda rmdir)

Les variables poden ser definides per l'usuari per personalitzar l'entorn Unix, i així facilitar el treball. Podem trobar dos tipus de variables:

Variables locals: nomé s estan definides en un shell determinat, i per tant, nomé s podran ser utilitzades sota aquest shell. Per conveni s'escriuen en minúscules. Es declaren en els fitxers bashrc en el cas de bash, i tcsh en el cas de C shell. Variables d'entorn: poden ser utilitzades sota qualsevol shell, independentment de quin sigui el shell sota la que han estat definides. Per conveni s'han d'escriure en majúscules.

Altres comandes:
 cd
   $ cd nom_directori :cambiar al directori indicat.
   $ cd .. :retrocedir al direcoti pare.
 pwd : mostra el path del directori on ens trobem, des del directori arrel.
 ls : mostra la llista d'arxius i subdirectoris que conte el directori on ens trobem
   $ ls -CFs : ens mostra el mateix que ls, però a mé s ens detalla la grandària dels arxius (bytes).
   $ ls -a : ens mostra arxius que no podem veure.
 cp : comanda per copiar arxius.
   $ cp arxiu_origen arxiu_destí :copiar d'un arxiu a un altre, situats en el mateix directori
   $ cp path_del_arxiu_que_volem_copiar . : importar al nostre directori de treball, un arxiu
   $ cp -r Directori-_origen Directori_destí :copiem el contingut un directori a un altre directori existent o que creem a la vegada que fem cp .
 mkdir : Creació de directoris.
   $ mkdir nom_del_directori
 cat : podrem veure el contingut d'un arxiu.
   $ cat > arxiu_destí : creem un arxiu.
 mv : Canviar de nom un arxiu. També es pot utilitzar per a moure un arxiu o directori a un altre direcció.
   $ mv nomarxiu nounomarxiu : canviar nom d'un arxiu
   $ mv /novell/HOME/Documentos/p1.txt /novell/HOME/Practicas : en aquest exemple estem movent l'arxiu p1.txt al directori Practicas. En el cas que l'arxiu que volem moure estigué s en el nostre directori de treball, no caldria escriure tot el seu path.
 rm : esborrar un archiu.
   $ rm -r nom_del_diectori :esborra un directori.


2.-Rasmol
RasMol é s un programa de gràfics moleculars que permet la visualització de proteïnes, àcids nucleics y petites molècules. Detallarem algunes de les opcions mes utilitzades:
  Select
   select {expresió} :Selecciona una part de la molècula, com pot ser una sèrie d'atoms, aminoàcids (que definirem col.locant el número dels aminoàcids select 134,187) o cadenes de la proteïna (select*a , per a seleccionar la primera cadena de la proteïna). La part seleccionada la podrem modificar sense modificar tota la proteïna. Si el que volem es seleccionar la proteïna sencera, haurem d'utilitzar select all. També podrem seleccionar les parts polar de la molècula amb la comanda select polar.
  Color
   color {color} : podrem modificar el color de la part de la molècula. En els casos en els que hem utilitzat la comanda select, ens serà molt útil per a visualitzar allò seleccionat.
  Set
   set -paràmetre- {opció} :Ens permet canviar alguns dels paràmetres interns del programa.

set picking distance : si executem aquest mode, ens permetrà conèixer les distàncies entre dos àtoms, tan sols clicant-los. Al cliclar sobre el primer ens apareixerà diferents característiques d'aquest. Al clicar sobre el segon, ens apareixerà la distància entre l'atom1 i l'atom2.
set hbonds : senyala els ponts d'hidrogen i especifica mitjançant colors quin es l'àtom donant i quin l'acceptor( vermell acceptor, blau donador). L'utilitzarem per a la visualització dels enllaços d'hidrogen.

Tractament d'imatges
Utilitzarem el programa Gimp pel tractament de les imatges. Gravarem la imatge des de Rasmol en format rgb. Podrem obrir el fitxer amb aquesta extensió mitjançant el programa gimp. Un cop l'hem obert amb aquest programa, la podrem modificar i desar en altres formats de menor tamany com poden ser gif o jpg



Index