OBJECTIUS
Identifica 10 plegaments del directori PDB que es troba a “practica_1” Crea una imatge i raonar l’estructura i perqué creus que es aquest el plegament. Com es troben el residus polars i els hidrofobics?

PRÀCTICA
En aquesta pràctica intentarem veure i identificar diferents tipus de plegaments.

Classe Tot Alpha
4 helix-bundle
Format per 4 helix alpha, situades paraleles dos a dos, formant un 'manojo'. Estan ordenades de forma que les cadenes laterals hidrofobiques estiguin situades entre les helixs, y las hidrofílicas es situin en la superfície. Això crea un core hibrofobic en mig de l'estructura i a lo llarg d'ella.
   4 helix_bundle : Esquema teòric.
   4 helix_bundle : imatge del pdb exemple.
Globin
Format per un 'manojo' de 8 hèlixs conectades per regions loops. Aquestes hèlixs es retorcen al voltant del core en diferents direccions de forma que helixs que son adyacents en la seqüència no ho seran en les estructures (a exepció de l'helix G y H). L'exterior serà hidrofílic i l'interior hidrofòbic.
   Globin : Esquema teòric.
   Globin : imatge del pdb exemple.

Classe Tot Beta
Barril Beta
Successió de cadenes beta. L'última cadena s'uneix a la primera mitjançant ponts d'hidrogen, de tal manera que el barril queda tancat. Les cadenes son antiparaleles. La part interior es hidrofobica i l'interior hidrofílica
   Barril Beta : Esquema teòric.
   Barril Beta : imatge del pdb exemple.
Beta Sandwich
Dos motius Greek Key empaquetats l'un davant de l'altre.
   Sandwich Greek Key : Esquema teòric.
   Sandwich Greek Key : imatge del pdb exemple.
Beta Propeller
Quatre cadenes, antiparaleles, formant una fulla Beta. Estan colocades de forma que la direcció de la primera i l'última cadena difereix de 90º. El centre actiu està damunt del barril.
   Beta Propeller 1,    Beta Propeller 2: Esquemes teòrics.
   Beta Propeller : imatge del pdb exemple.
Jelly Roll
El plegament Jelly Roll pot prendre forma de barril o de sandwhich, depenent de la interacció entre fulles Beta.
   Jelly Roll 1,    Jelly Roll 2: Esquemes teòrics.
   Jelly Roll : imatge del pdb exemple.

Classe Alpha/Beta
Open Sheet Alpha Beta
Motiu beta-alpha-beta. No es tanca un barril. Tenim les beta i les alpha separades. El nucli hidrofobic està format per una fulla Beta envoltada de Alpha helixs.
   Open Sheet 1,    Open Sheet 2: Esquemes teòrics.
   Open Sheet : imatge del pdb exemple.
TIM Barril
És molt estable. Motius Beta-Alpha-Beta successius. Es tanquen en forma de barril. Es produeix una doble capa hidrofòbica: una entre les alpha i les Beta, i un altre la del interior del barril.
   Tim Barril : Esquema teòric.
   Tim Barril : imatge del pdb exemple.

Classe Alpha mas Beta
Exemple de la ribonucleasa.3 helix alfa i 6 fulles beta. Es troben separades, a cada extrem de la proteïna i en contacte per les seves zones hidrofòbiques, de forma que la zona hidrofílica queda al exterior de la proteïna i la hidrofobica al interior.
   Alfa mas Beta : Esquema teòric.
   Alfa mas Beta : imatge del pdb exemple.

Problemes:
A partir de 10 pdb's problema, reconeixerem el seu plegament:
  1  1fem : Barril Beta
  2  1an2 : Alfa helix
  3  1neu : Barril Beta
  4  1byb : TIM Barril
  5  1gbg : Jelly Roll
  6  3cro : 4 Helix Bundle . Es un motiu unio a DNA
  7  1tph : TIM Barril. Hi ha dos.
  8  1rcn : Open Sheet Alfa/Beta
  9  5tim : TIM Barril TIM Barril. HI ha dos.
  10 1gcs : Sandwhich Greek Key .