Per realitzar l'alineament estructural de les globines primerament escolliré dues globines a l'atzar a través de la base de dades SCOP, on es troben les estructures de les proteïnes cristalitzades classificades segons la seva estructura. Les globines seleccionades són:
GLOBINES SELECCIONADES PER L'ALINEAMENT Classe Tot α Plegament Globin-like Superfamília Globin-like Família Globins Domini Mioglobina Estructures 1a6m - Sperm whale (Physeter catodon)
1dwt - Horse (Equus caballus)
Una vegada escollides les globines obtinc la seva seqüència de la base de dades PDB i, usant el programa PDBtoSplitChain obtinc les seqüències en format fasta (en realitat, la funció del programa és separar en diferents arxius les cadenes, però en aquest cas només hi ha una cadena):
perl /disc9/PERL/PDBtoSplitChain.pl -i pdb1a6m.ent -o 1a6m.fa
Amb les seqüències ja en format fasta realitzo un alineament mitjançant Clustalw (veure alineament) que em permetrà veure si hi ha gaps. En cas que existeixin, hauré d'anotar les posicions d'inici i final dels fragments que quedin separats per gaps, ja que Xam analitza només fragments d'idèntica longitud. En aquest alineament, però, només existeix un gap en darrera posició, per tant, al fer el Xam introduiré les seqüències de la posició 1 a la 151.
Una vegada fet l'alineament executo Xam, introduint la posició 1 a 151 per ambdues cadenes. S'obtenen els següents resultats de RMSD (veure resultats complerts ):
1 2 
1 0.81 2 0.00 click to enlarge L'RMSD és de 0.81. Això indica que s'ha fet un bon alineament, ja que aquest és un valor menor que 2A (veure pàgina principal de la pràctica 4.1, apartat "Càlcul de l'RMSD" ). La visualització amb RasMol també mostra un bon alineament a excepció dels loops que queden a la dreta de la imatge.
