Per realitzar l'alineament estructural de les 4 hèlix α primerament observaré l'estructura de les hèlix mitjançant RasMol.
Helix 1 Helix 2 Helix 3 Helix 4 La visualització de les hèlix mostra que, mentre les hèlix 2, 3 i 4 són molt semblants als seus extrems, l'hèlix 1 presenta una torsió i un loop de 2 aminoàcids a l'extrem N-terminal i un loop de 5 aminoàcids a l'extrem C-terminal. Per tant, primerament realitzaré l'alineament amb les hèlix 2 a 4 i, quan aquest sigui òptim, hi afegiré l'hèlix 1.
Primerament provaré l'alineament de les hèlix 2 a 4 amb un rang de 14 aminoàcids, ja que aquest és el tamay de l'hèlix 3 i 4, més curtes que la 2. Per fer-ho, prendré els residus 37 a 50 de l'hèlix 2, i 1 a 14 de les hèlix 3 i 4. Amb això obtenim els següents RMSD (veure resultats complerts ):
1 2 3 
1 0.54 0.42 2 0.00 0.46 3 0.00 0.00 click to enlarge El mateix alineament realitzat amb 12 aminoàcids, és a dir per tres voltes de la hèlix, dóna els valors de RMSD (veure resultats complerts ) pels residus 37 a 48 de l'hèlix 2, i 1 a 12 de les hèlix 3 i 4:
1 2 3 
1 0.47 0.36 2 0.00 0.33 3 0.00 0.00 click to enlarge
Donat que l'RMSD és més petit per 12 residus i que aquest és un nombre prou significatiu d'aminoàcids, realitzaré l'alineament de totes les hèlix per aquest nombre de residus. Per les hèlix 2 a 4 prendré els mateixos residus que els usats per l'alineament de prova (37 a 48, 1 a 12 i 1 a 12 respectivament). Per l'hèlix 1, l'observació del pdb mitjançant RasMol mostra que els dos primers residus després de la torsió son la Tyr 6 (verd) i la His 7 (groc). Executaré Xam amb ambdós residus, per tal de veure quin dóna l'alineament òptim.
Valors de RMSD per l'alineament de l'hèlix 1, residus 6 a 17 (veure resultats complerts ):
1 2 3 4 
1 0.46 0.49 0.44 2 0.00 0.47 0.36 3 0.00 0.00 0.33 4 0.00 0.00 0.00 click to enlarge Valors de RMSD per l'alineament de l'hèlix 1, residus 7 a 18 (veure resultats complerts ):
1 2 3 4 
1 0.49 0.31 0.35 2 0.00 0.47 0.36 3 0.00 0.00 0.33 4 0.00 0.00 0.00 click to enlarge Si comparem els resultats dels dos alineaments veiem que si prenem els residus 6 a 17 de l'hèlix 1, el valor de RMSD és més petit entre les hèlix 1 i 2 que si els prenem del 7 al 18, però els valors de RMSD entre aquesta i les hèlix 3 i 4 és major que amb els residus 7 a 18. Per tant, el segon alineament és millor.
Així doncs, per aconseguir l'alineament òptim usarem 12 aminoàcids de cada hèlix, que correspondran als aminoàcids 7 a 18 per l'hèlix 1, 37 a 48 per l'hèlix 2 i 1 a 12 per les hèlix 3 i 4.
