En aquest primer exemple buscaré seqüències homòlogues a la seqüència problema seq1.fa . Seguint el model creat per fer cerques, primerament faré un PSI-Blast sobre Swissprot amb dues iteracions.
Els resultats obtinguts mostren e-values molt elevats, entre 0.68 i 7.6. Tot i això, amb dues iteracions s'arriba a convergencia, de manera que la cerca ja no es pot refinar més usant PSI-Blast. En aquest cas, doncs, hauríem de buscar altres mètodes de cerca com l'aplicació de Models de Markov Ocults (Hidden Markov Models, HMM)
A continuació, utilitzant la matriu creada amb PSI-Blast sobre Swissprot aplicaré PSI-Blast sobre PDB, també amb 2 iteracions (veure resultats).
Aquesta cerca no ha donat cap resultat, segurament degut a que ja la cerca amb Swissprot, en la que es basa la cerca en PDB, ha donat un resultat dolent.
Davant d'aquestes dades podríem pensar que el problema és que no hi ha seqüències homòlogues a la seqüència problema. Tot i això, abans de prendre aquesta conclusió com a bona hauríem d'aplicar altres mètodes de cerca com HMM. Finalment, podria ser que no hi haguéssin seqüències homòlogues però sí homòlegs remots (és a dir, presenten seqüència diferent però semblant estructura), que identificaríem mitjançant alineaments estructurals amb programes com XAM o STAMP.
