En aquest primer exemple buscaré seqüències homòlogues a la seqüència problema seq10.fa .Seguint el model creat per fer cerques, primerament faré un PSI-Blast sobre Swissprot amb dues iteracions (veure resultats).

/disc9/BLAST/EXE/blastpgp -i seq10.fa -d /disc9/DB/blast/swissprot -j 2 -C seq10.bls1 -o seq10.out

Amb dues iteracions, però, no arriba a convergència, per tant repetiré aquesta cerca amb 8 iteracions(veure resultats).

/disc9/BLAST/EXE/blastpgp -i seq10.fa -d /disc9/DB/blast/swissprot -j 8 -C seq108.bls1 -o seq108.out

Amb 8 iteracions tampoc arriba a convergència, però donat el temps necessari per aplicar un major nombre d'iteracions usarem els resultats obtinguts amb aquests paràmetres per fer la cerca posterior. Aquests resultats mostren un gran nombre de seqüències amb e-values molt baixos, és a dir que la cerca que donat bons resultats. A més a més, l'anàlisis d'aquests revela que la seqüència problema (seq10) és una metionil t-RNA sintetasa d'Archaeoglobus fulgidus amb número d'accés O28819, ja que el primer match de PSI-Blast, corresponent a aquesta metionil t-RNA sintetasa i amb un e-value de 0.0, té una homlogia del 100% per tots els residus amb la seqüència problema.

A continuació, utilitzant la matriu creada amb PSI-Blast sobre Swissprot aplicaré PSI-Blast sobre PDB amb dues iteracions (veure resultats).

/disc9/BLAST/EXE/blastpgp -i seq10.fa -d /disc9/DB/blast/pdb -j 2 -R seq108.bls1 -C seq10.bls2 -o seq10.out2

Com que tampoc arriba a convergència repetiré la cerca amb 8 iteracions (veure resultats).

/disc9/BLAST/EXE/blastpgp -i seq10.fa -d /disc9/DB/blast/pdb -j 2 -R seq108.bls1 -C seq108.bls2 -o seq108.out2

Psi-Blast arriba a convergència en 4 iteracions.