Primerament buscaré seqüències homòlogues a la seqüència seq3.fa .Seguint el model creat per fer cerques, primerament faré un PSI-Blast sobre Swissprot amb dues iteracions (veure resultats).

/disc9/BLAST/EXE/blastpgp -i seq3.fa -d /disc9/DB/blast/swissprot -j 2 -C seq3.bls1 -o seq3.out

Amb dues iteracions, però, no arriba a convergència, per tant repetiré aquesta cerca amb 8 iteracions(veure resultats).

/disc9/BLAST/EXE/blastpgp -i seq3.fa -d /disc9/DB/blast/swissprot -j 8 -C seq38.bls1 -o seq38.out

Arriba a convergència amb 3 iteracions. Aquests resultats mostren un gran nombre de seqüències amb e-values molt baixos, és a dir que la cerca ha donat bons resultats. A més a més, l'anàlisis d'aquests revela que la seqüència problema (seq3) és una "ubiquitine-conjugating enzime E2-32 KDa complementing" humà (número d'accés P49427), ja que el primer match de PSI-Blast, corresponent a aquesta proteïna i amb un e-value de 2e-92, té una homlogia del 100% per tots els residus amb la seqüència problema. La informació que apareix a la seqüència problema confirma aquesta conclusió.

A continuació, utilitzant la matriu creada amb PSI-Blast sobre Swissprot aplicaré PSI-Blast sobre PDB amb dues iteracions (veure resultats).

/disc9/BLAST/EXE/blastpgp -i seq3.fa -d /disc9/DB/blast/pdb -j 2 -R seq38.bls1 -C seq3.bls2 -o seq3.out2

Amb 2 iteracions arriba a convergència.