En aquest apartat valoraré els models realitzats a través de l'estudi de les seves energies, usant el programa Prosa II.Model 1
Primerament compararé les energies dels dos models obtinguts a partir de Clustalw (Model 1):
Groc = Model 1.1 Vermell = Model 1.2 Click to enlarge En ambdós casos les energies dels models són negatives, per tant, és un model energèticament favorable. L'extrem C-terminal és, en ambdós casos, la zona pitjor modelada pel que fa a l'energia del sistema, ja que aquesta arriba i supera el 0, mentre que l'òptima es troba al voltant del residu 150. Si es comparen els models entre ells es veu que són molt semblants, tot i que a l'inici (primers 125 aminoàcids) és lleugerament millor el Model 1.1 (energia més baixa) mentre que entre els residus 150 i 225 é més favorable el Model 1.2.
A continuació, realitzaré la comparació de les energies desglossades en les seves components: energia pair i de superfície. L'energia combinada és la combinació de les dues anteriors i és la que es mostra a la primera gràfica.
Energia combinada Vermell = Model 1.1 Magenta=Model1.2 Energia de superfície Cià = Model 1.1 Blau = Model 1.2 Energia pair Verd = Model 1.1 Groc = Model 1.2 Click to enlarge L'energia pair és la que dóna valors més elevats, i no presenta una gran variació entre ambdós models. L'energia de superfície, més elevada que la combinada però no tant com la de superfície, esdevé clarament positiva a l'inici de la proteïna i en aquest extrem és la menys favorable. Aquesta sí que mostra diferències entre els dos models: model 1.2 és millor (energia més baixa) entre els residus 75 i 125 però pitjor entre els residus 160 i 230 (valors aproximats).
A continuació compararé les energies dels dos models obtinguts a partir de HMM (Model 2):
Groc = Model 2.1 Vermell = Model 2.2 Click to enlarge En ambdós casos les energies dels models són negatives, per tant, és un model energèticament favorable. L'extrem C-terminal és, en ambdós casos, la zona pitjor modelada pel que fa a l'energia del sistema, ja que aquesta arriba a 0, mentre que l'òptima es troba al voltant del residu 150. Si es comparen els models entre ells es veu que són molt semblants, tot i que a l'inici (primers 125 aminoàcids) és lleugerament millor el Model 2.1 (energia més baixa) mentre que a partir del residu 150 és més favorable, en general, el Model 2.2.
A continuació, realitzaré la comparació de les energies desglossades en les seves components: energia pair i de superfície. L'energia combinada és la combinació de les dues anteriors i és la que es mostra a la primera gràfica.
Energia combinada Vermell = Model 2.1 Magenta=Model 2.2 Energia de superfície Cià = Model 2.1 Blau = Model 2.2 Energia pair Verd = Model 2.1 Groc = Model 2.2 Click to enlarge L'energia pair és la que dóna valors més elevats, i no presenta una gran variació entre ambdós models. L'energia de superfície, més elevada que la combinada però no tant com la de superfície, esdevé clarament positiva a l'inici de la proteïna i en aquest extrem és la menys favorable. Tampoc mostra grans diferències entre els dos models a excpeció de la zona comrpesa entre els 250 i 300 aminoàcids, on és clarament millor el model 2.1 (valors aproximats).
Comparació del millor model 1 contra el millor model 2
A continuació compararé les energies del millor model realitzat amb Clustalw contra el millor model realitzat amb HMM. Per fer-ho he pres com a millors models els models 1.2 i 2.2, tot i que en realitat no hi ha gaire diferència entre els diferents models:
Groc = Model 1.2 Vermell = Model 2.2 Click to enlarge En ambdós casos les energies dels models són negatives, per tant, és un model energèticament favorable. Els extrems són, en ambdós casos, les zones pitjor modelades pel que fa a l'energia del sistema, ja que són les que tenen energia menys negativa, mentre que l'òptima es troba al voltant del residu 150. Si es comparen els models entre ells es veu que són pràcticament idèntics pel que fa a les seves energies.
A continuació, realitzaré la comparació de les energies desglossades en les seves components: energia pair i de superfície. L'energia combinada és la combinació de les dues anteriors i és la que es mostra a la primera gràfica.
Energia combinada Vermell = Model 1.2 Magenta=Model 2.2 Energia de superfície Cià = Model 1.2 Blau = Model 2.2 Energia pair Verd = Model 1.2 Groc = Model 2.2 Click to enlarge L'energia pair és la que dóna valors més elevats, i no presenta una gran variació entre ambdós models. L'energia de superfície, més elevada que la combinada però no tant com la de superfície, esdevé clarament positiva a l'inici de la proteïna i en aquest extrem és la menys favorable. Auqesta també és pràcticament igual en ambdós models.
Comandes bàsiques de Prosa utilitzades
Carregar la proteïna: read pdb nompdb.ent objx
x és 1 per la primera proteïna que es carrega, 2 per la segona, etcètera.Analitzar l'energia: analyse energy objx
Canviar tamany de finestra: winsize objx y
y correspon al nombre d'aminoàcids de la finestra, per exemple 50.Mostrar energies: draw * obj1 1
si es volen mostrar totes les energies s'escriu l'asterisc. Si només se'n vol visualitzar una, es substitueix l'asterisc per l'especificació d'energia: comb, surf o pair.Canviar els colors: color * obj1 color desitjat
si es vol canviar el color de totes les energies s'escriu l'asterisc. Si només es vol modificar el color d'un tipus d'energia, es substitueix l'asterisc per l'especificació d'energia: comb, surf o pair.Mostrar per pantalla: plot
s'ha d'executar per cada modificació.Borrar: draw * * 0
amb dos asteriscs s'esborra tot. El primer correspon al tipus d'energia, el segon a l'objecte (obj). Si només es vol eliminar una part, substituir l'asterisc per la comanda corresponent.
