A partir d'aquí, la resta de pràctiques consisteixen a fer un model de la proteïna P11018 , una serin proteasa intracelular de Bacillus Subtilis.

Realització del model

Model 1: basat en Clustalw

Model 2: basat en HMM (Hidden Markov Models)

Testat del model

Comparació de models amb els seus templates mitjançant Stamp

Comparació de models mitjançant Xam

Anàlisis a través de mapes de Ramachandran

Comparació de l'estructura secundària mitjançant PSI-Pred

Anàlisis d'energies mitjançant Prosa II

Optimització del model

Optimització mitjançant Grumos

Anàlisi del model optimitzat