En aquest apartat valoraré els models realitzats a través de l'estudi de la seva estructura secundària. Per fer-ho, primerament obtindré l'estructura secundària dels models, a continuació realitzaré una predicció d'estructura secundària mitjançant Psi-Pred de la seqüència P11018 i finalment compararé l'estructura secundària del model amb la predicció d'estructura secundària per la seqüència.
Estructura secundària dels models
Estructura secundària dels models
Primerament analitzaré l'estructura dels models mitjançant el programa dssp:
dssp P11018ex153 P11018ex153.dssp Això genera una sèrie d'arxius (model1.1, model1.2, model2.1, model2.2) que contenen l'estructura secundària de cada model però que resulten difícils de llegir.
Per obtenir els arxius en un format de més senzilla lectura aplicaré el programa aliss:
aliss.pl P11018ex153.dssp > P11018ex153.pir Ara s'obtenen de nou els arxius anteriors però de manera que resulta senzill veure l'estructura secundària dels models (model1.1, model1.2, model2.1, model2.2).
A contiuació aplicaré aconvertMod2 per convertir l'alineament a format Clustalw:
aconvertMod2.pl -in p -out c P11018ex153.clw Es tornen a obtenir els arxius anteriors però ara en format Clustalw (model1.1, model1.2, model2.1, model2.2).
CODI D'ESTRUCTURA SECUNDÀRIA Codi Estructura H Hèlix α E Làmina β C Coil (sense estructura)
Predicció de l'estructura secundària de la seqüència
Per fer la predicció de l'estructura secundària de la seqüència aplicaré el programa PSI-Pred:
psipred P11018.fa Com a resultat s'obté l'estructura secundària en format PSI-Pred, és a dir en forma de columna (veure arxiu). Per poder-lo comparar amb l'estructura secundària dels models s'ha de convertir a format pir:
psipred2pir.pl P11018.ss2> P11018.pir Amb això resulta un arxiu (veure arxiu) que conté la seqüència i l'estructura secundària en format pir, és a dir, una sota l'altra.
Comparació de les estructures secundàries obtingudes
Finalment compararé la predicció d'estructura secundària feta amb Psi-Pred contra les estructures secundàries dels models calculades amb dssp. Per fer-ho, primer crearé un arxiu que contingui totes les seqüències en format pir (veure arxiu). Per fer aquest arxiu cal tenir en compte que la seqüència original només ha d'aparèixer una vegada, és a dir, a continuació de P11018.pir enganxaré l'estructura secundària dels models.
Per poder comprar les estructures secundàries convertiré el fitxer anterior a format Clustalw:
aconvertMod2.pl -in p -out c tots.clw Ara s'obté un arxiu (veure arxiu) on apareix la seqüència i les estructures secundàries en forma d'alineament de Clustalw.
L'alineament mostra que, excepte a l'inici i al final de la seqüència, el que correspondria als extrems mal modelats, és on hi ha la major disparitat d'estructura secundària, mentre que a les altres regions es conserva bastant bé, especialment a les zones que componen hèlix α. De tota manera, mentre que els mdoels són molt semblants entre si la predicció feta amb Psi-Pred a partir de la seqüència difereix bastant de l'estructura calculada pels models.
