En aquest apartat valoraré els models realitzats a través de l'estudi de les seva conformació mitjançant el programa Procheck.Model 1.1
Per fer-ho, executaré el programa Procheck (exemple amb el model 1.1, vàlid pels quatre models):
procheck_single P11018ex153 2.0 El valor 2.0 correspon a la resolució de la proteïna amb menys resolució usada en la realització del model. Les resolucions de les proteïnes emprades són:
RESOLUCIÓ DE LES PROTEÏNES 1scja 2.0 1aqn 1.8 1bh6a 1.8 Procheck genera una sèrie d'arxius, dels quals només analitzaré els mapes de Ramachandran i el sumari.
L'anàlisi del sumari (veure sumari) mostra que hi ha 12 mals contactes entre els àtoms del model, és a dir que hi ha 12 parells d'àtoms no units entre si a una distància igual o menor que 2.6A. Pel que fa a la longitud i angle d'enllaç entre els àtoms de la cadena principal, hi ha un 1.5% d'enllaços amb longitud fora del rang esperat i un 6.3% d'angles d'enllaç fora de rang. D'aquestes dades, tant el nombre de mals contactes com el percentatge d'angles d'enllaç fora de rang mostren un asterisc, indicatiu que en aquest aspecte el model no és bo.
El mapa de Ramachandran mostra que hi ha un 97.8% de residus en zones permeses, mentre que només n'hi ha un 2.2% en zones no permeses o permeses generosament.
Download in .ps format Arxiu amb més definició. En Windows, obrir amb Adobe Photoshop. Comprimit amb WinZip. click to enlarge
L'anàlisi del sumari (veure sumari) mostra que hi ha 10 mals contactes entre els àtoms del model. Pel que fa a la longitud i angle d'enllaç entre els àtoms de la cadena principal, hi ha un 1.2% d'enllaços amb longitud fora del rang esperat i un 7% d'angles d'enllaç fora de rang. Com en el model anterior, tant el nombre de mals contactes com el percentatge d'angles d'enllaç fora de rang mostren un asterisc, indicatiu que en aquest aspecte el model no és bo.
El mapa de Ramachandran mostra que hi ha un 97.4% de residus en zones permeses, mentre que només n'hi ha un 2.5% en zones no permeses o permeses generosament. Així doncs, en aquest model trobem una pitjor localització de residus però menys mals contactes.
Download in .ps format Arxiu amb més definició. En Windows, obrir amb Adobe Photoshop. Comprimit amb WinZip. click to enlarge
L'anàlisi del sumari (veure sumari) mostra que hi ha 16 mals contactes entre els àtoms del model. Pel que fa a la longitud i angle d'enllaç entre els àtoms de la cadena principal, hi ha un 1.1% d'enllaços amb longitud fora del rang esperat i un 8.1% d'angles d'enllaç fora de rang. Com en el model anterior, tant el nombre de mals contactes com el percentatge d'angles d'enllaç fora de rang mostren un asterisc, indicatiu que en aquest aspecte el model no és bo.
El mapa de Ramachandran mostra que hi ha un 97% de residus en zones permeses, mentre que només n'hi ha un 2.9% en zones no permeses o permeses generosament. Així doncs, en aquest model trobem tant una pitjor localització de residus com un major nombre de mals contactes que en els models realitzats a partir de l'alineament amb Clutalw.
Download in .ps format Arxiu amb més definició. En Windows, obrir amb Adobe Photoshop. Comprimit amb WinZip. click to enlarge
L'anàlisi del sumari (veure sumari) mostra que hi ha 11 mals contactes entre els àtoms del model. Pel que fa a la longitud i angle d'enllaç entre els àtoms de la cadena principal, hi ha un 1.3% d'enllaços amb longitud fora del rang esperat i un 8.5% d'angles d'enllaç fora de rang. Com en el model anterior, tant el nombre de mals contactes com el percentatge d'angles d'enllaç fora de rang mostren un asterisc, indicatiu que en aquest aspecte el model no és bo.
El mapa de Ramachandran mostra que hi ha un 97.1% de residus en zones permeses, mentre que només n'hi ha un 3% en zones no permeses o permeses generosament. Així doncs, en aquest model trobem tant una millor localització de residus com un menor nombre de mals contactes que en el model 2.1. Respecte els models realitzats a partir de l'alineament amb Clutalw, però, presenta una pitjor localització dels residus.
Download in .ps format Arxiu amb més definició. En Windows, obrir amb Adobe Photoshop. Comprimit amb WinZip. click to enlarge
