En aquest apartat compararé cada model amb els seus templates (és a dir, un alineament pels models 1 i un pels models 2) usant el programa Stamp per tal de veure com s'ajusta el model a les seqüències motlle.

Per fer-ho, primer crearé els dos arxius .domains que Stamp requereix per fer l'alineament estructural (model1.domains, model2.domains), i a continuació executaré Stamp (exemple del Model 1, és igual pel 2):

stamp -l modclus.domains -rough -n 2 -prefix modclus

A continuació, convertiré el fitxer de sortida a pdb per poder visualitzar-lo amb RasMol:

transform -f modclus.4 -g -o modclus.4.pdb

Model 1		Model 2
click to enlarge		click to enlarge
click to see file		click to see file

Es pot observar que en general l'alineament és bo i els models s'ajusten bé als templates a excepció dels extrems, on el model presenta unes cues de gran llargària que no són presents als templates. A l'hora d'optimitzar els models, el primer que s'haurà de fer serà retallar aquestes cues del fitxer que conté les coordenades del model.