Práctica 1- Comandes bàsiques de LINUX i RasMol

Práctica 1- Comandes bàsiques de LINUX i RasMol
Pràctiques de Biologia Estructural- Carlos Masdeu Ávila- Nia=16965
>>

LINUX

Descriu les comandes de LINUX més habituals amb exemples:

Cóm copiar fitxers i directoris?

Per copiar un fitxer, la comanda és 'cp'
Per copiar un directori, la comanda és 'cp -r '

Exemples:
Suposem que estem al directori '~/origen/'
El contingut d'aquest directori és el següent:

arxiu.txt directori directori2

Si volem copiar 'arxiu.txt' a 'directori', la comanda seria:
cp arxiu.txt directori

Si volem copiar 'directori' a 'directori2', la comanda seria:
cp -r directori directori2

Com escriure fitxers?

Per escriure fitxers hem d'utilitzar algun editor de text, com emacs o kwrite. Per fer-ho, hem de cridar aquests programes i el nom del fitxer que volem crear.
Per exemple,

emacs fitxer.txt
kwrite document.txt

cóm canviar els noms i cóm canviar de lloc?

Totes dues coses es poden dur a terme amb la comanda 'mv' (move):

El funcionament d'aquesta comanda és

'mv arxiuorigen arxiudesti '

Si nosaltres només específiquem un directori desti, el que farà Linux es moure aquest arxiu des de la seva localització actual fins el destí que nosaltres li indiquem. No obstant, si nosaltres li indiquem un arxiu destí (pot incloure també la ruta d'aquest arxiu), mourem el nostre arxiu fins el destí, però amb el nou nom.

Per exemple:
Tenim el mateix directori d'abans, amb el contingut

arxiu.txt directori directori2

Si el que volem es canviar la localització de arxiu.txt a directori (és a dir, moure'l), la comanda'és

mv arxiu.txt directori

També podríem moure'l, posant-li un nou nom al directori destí:

mv arxiu.txt directori/arxiu2.txt

Finalment, si volem canviar de nom arxiu.txt a arxiu3.txt, la comanda és:

mv arxiu.txt arxiu3.txt

Cóm crear les teves variables dentorn i executar-les?

Podem designar un arxiu 'source', on podem inserir una sèrie de 'alias' i de variables d'entorn, que s'activaran quan cridem, des del shell,
source nomdelarxiu

Podem crear el arxiu d'aquesta manera:
-creem un arxiu amb emacs:

emacs comandes

-Inserim els alias i variables d'entorn que volem posar:

alias blast=/disc9/BLAST/EXE/blastall
alias blastpgp=/disc9/BLAST/EXE/blastpgp
setenv MEUDIRECTORI ~/meu

-Ho guardem.Llavors, des del shell, podrem executar-les cridant
source comandes

RasMol

-Executem rasmol i obrim un fitxer .pdb (p.ex: rasmol pdb1rcn.ent )
-S'ens obrira una finestra amb el wireframe de la estructura, i al shell ens sortiran les dades de l'estructura, i l'entrada de comandes passarà a ser

RasMol>

Navegar per l'estructura
Podem navegar per l'estructura amb ratolí i teclat. Els controls bàsics son:

Control	Acció
Botó esquerre + moure ratolí	rotar eixos X,Y
Botó dret + moure ratolí	traslladar
SHIFT+Botó esquerre + moure ratolí	canviar zoom
SHIFT+Botó dret+moure ratolí	Rotar en l'eix Z

Per saber les dades d'un atom en particular, cliquem sobre aquest a l'estructura, i al shell ens apareixeran les seves dades, d'acord amb aquest format:

RasMol>
Atom: CA 430 Group: ALA 56 Chain: E

Comandes a RasMol

Des de l'entrada de comandes de Rasmol podem manipular la manera en que s'ens mostra l'estructura. Suposem que volguèssim seleccionar uns determinats residus i canviar-los-hi el color.
Primer, hem de seleccionar els residus:

RasMol> select 1 (ens seleccionara el residu 1 de totes les cadenes)
27 atoms selected!

I tot seguit,

RasMol> color blue (ens el pintarà de blau)

També podem inserir operadors booleans a les nostres seleccions:

And

RasMol> select 2 AND A
29 atoms selected! (ens seleccionara aquells atoms que pertanyin al residu 2 i que estiguin a la cadena A)
RasMol> color red (ens els pintarà de vermell)

RasMol> select 1 OR 2
56 atoms selected!
RasMol> color green
(ens selecciona tots aquells residus que estiguin compresos a 1 ó a 2, de la cadena que sigui, i ens els pintarà de verd)

També podem seleccionar cadenes senceres

RasMol> select *E
951 atoms selected! (ens seleccionarà la cadena E)

i mostrar només uns àtoms determinats

RasMol>restrict *D (ens treu tots els àtoms de la imatge, deixant només aquells que pertanyin a la cadena D)

Per tenir un altre cop tots els àtoms a la selecció,

RasMol>Select all

També podem canviar el mode de disposició de les estructures, o només d'aquella part seleccionada:

RasMol>Wireframe (tornaran a aparéixer tots els àtoms, en mode Wireframe)
RasMol>Cartoon (s'ens mostraran segons la estructura secundària)
RasMol>Color structure (s'ens pintaràn d'acord amb el tipus d'estructura secundària: Girs blaus, hèlix fúcsies, làmines grogues)

Finalment, també podem seleccionar els àtoms segons la seva hidrofobicitat:

Selecció d'atoms en funció de la seva hidrofobicitat

RasMol>Select polar
RasMol>color yellow
(Per seleccionar només els polars i pintar-los de groc)
RasMol>Select Hydrophobic
RasMol>color green (per seleccionar només els hidrofòbics i pintar-los de verd)

Obtenció d'una captura
Si ara volem una imatge d'aquesta estructura, anem al menu Export i seleccionem el tipus de fitxer en que volem exportar la imatge. (per exemple, 'gif'). Al shell ens preguntara:

RasMol>
Image file name:
shoggoth.gif (<==i aquí posem el nom que volem, p.ex, "shoggoth.gif")

(si hi ha problemes amb algun dels formats, sempre es pot exportar en un format que funcioni, p.ex, iris RGB i després convertir-ho amb un editor gràfic, com el GIMP