Pràctica
2- Estudi de plegaments
Pràctiques de Biologia Estructural-
Carlos Masdeu Ávila- Nia=16965
<< >>
Part
I: Exemples de plegaments
Identifica els plegaments del directori SELECT que es troba a practica_1.
Crea una imatge i raonar l'estructura i perqué creus que és
aquest el plegament. Com es troben el residus polars i els hidrofobics?
Barril beta
Jelly Roll
Propeller
Sandwich
Four Helix Bundle
Globin
Open Sheet
TIM barrel
Alfa més beta
Barril
beta
(tornar a dalt)
|
Jelly
Roll
(tornar
a dalt)
Jelly Roll és un altre dels plegaments tipus "tot beta" -tal com es veu a les imatges, només està format per làmines beta disposades de manera antiparal·lela-, format per dos dominis del tipus "greek key" , enfrontats l'un amb l'altre. La pecularitat d'aquests dominis s'ha intentat reflexar a les imatges capturades, on podem veure com els loops que unirien diverses làmines beta uneixen sovint una làmina d'un costat amb una de l'altre, al contrari del que passava al barril beta (veure més amunt) on tots els hairpins unien làmines consecutives. |
Propeller
(tornar
a dalt)
|
Sandwich
(tornar
a dalt)
És un altre dels
plegaments del tipus 'tot beta' que trobem a la natura. Les làmines
beta es disposen segons dominis 'greek key' (a la captura de la dreta
s'ha canviat l'eix de tall, mitjançant l'Slab Mode del RasMol,
a fi de que es veiessin només quatre de les làmines
beta que conformen aquests dominis greek key), per parelles, una enfrontada
amb l'altra. Això dona una imatge simil·lar a la captura
esquerra, on veiem com els greek key enfrontats d'aquesta manera recorden
dues llesques de pa preparades per a conformar un sandwich. |
Four
Helix Bundle
(tornar
a dalt)
Només trobem
hèlix alpha, de manera que pertany a la classe 'tot alpha'.
Aquesta estructura està formada per quatre hèlix alpha
disposades aproximadament en la mateixa direcció (tal com si
fossin quatre fibres aillades d'un tub o cil·lindre) |
Globin
(tornar
a dalt)
Només
trobem hèlix alpha, de manera que pertany a la classe 'tot
alpha'. En aquest cas, ambdues captures mostren una globina formada
per dues cadenes. És un domini globular bastant heterogeni
en les seves manifestacions, tant pel que respecta al nombre de cadenes
com a la disposició d'aquestes. |
Open
Sheet
(tornar
a dalt)
Pertany
a la classe alfa/beta, ja que consta de làmines beta i hèlix
alfa que es troben disposades de manera alternada en la seqüència
(com intenta mostrar la primera captura, les unions es produeixen
en la majoria de casos entre zones amb una estructura secundària
diferent). No obstant, això no impedeix que tots dos tipus
d'estructura s'agrupin en l'espai. En l'estructura que mostren les
captures, tindríem un nucli format per làmines beta,
mentre al voltant trobaríem les hèlix alfa, com envoltant
aquest nucli.
|
TIM
barrel
(tornar
a dalt)
Una altra estructura del tipus alfa/beta (per tant, de nou, làmines beta i hèlix alternades), que apareix sovint a la natura. La distribució de l'estructura en l'espai seria la que mostren les figures: -Un barril format per làmines beta, -envoltat per una corona de hèlix alfa No obstant, si ens fixem en l'estructura veurem com no es tracta del mateix tipus de barril que vam trobar a les estructures 'tot beta', ja que aquí, les tables del barril es troben separades en la seqüència pels fragments que conformen les hèlix alfa. La distribució de residus polars/hidrofòbics es curiosa, ja que les hèlix alfa encaren els seus residus hidrofòbics cap el centre de l'estructura, a tocar amb els residus hidrofòbics de les crestes de les onades de les làmines beta, al temps que tota la part més superficial de la mol·lècula (la que tindrà contacte amb el solvent) queda formada pels residus polars de les hèlix alfa. |
Alpha
més beta
(tornar
a dalt)
És un clar exemple de les estructures del tipus "alpha + beta" on, tot i que trobem tots dos tipus d'estructura secundària, aquestes no es troben de forma alterna, si no que es succeeixen en l'estructura (és a dir, primer un tipus, i després l'altre). En aquest cas, s'ha intentat incidir en aquest punt a l'hora de capturar la primera imatge. Tal com es veu, els loops que uneixen les llàmines, van a altres làmines beta, de la mateixa manera que els loops que surten de les hèlix alpha connecten amb altres hèlix alpha (es veu clarament entre la primera i segona hèlix del fons). Pel que fa a la distribució dels residus polars i hidrofòbics, també trobem cert patró, tot i que no tan evident com a altres estructures. A la captura s'ha intentat reflexar com es produeix certa agrupació de residus hidrofòbics cap el centre de la molècula (formant així un nucli d'hidrofobicitat), mentre els exteriors, més exposats al solvent, serien, en la seva majoria, residus polars. |