Pràctica 5.2- Modelat de seqüències II: Mitjançant cerca d'homòlegs i alineament d'estructures
Pràctiques de Biologia Estructural- Carlos Masdeu Ávila- Nia=16965
<<                                                    >>

1-Introducció

        Treballarem amb les mateixes seqüències que a la pràctica anterior (1ak9,1scjA,1ubnA,1sca). Però aquest cop, enlloc de realitzar un alineament de seqüències amb clustalw, realitzarem un alineament d'estructures amb STAMP.

 2-Aliniament amb STAMP

 Com ja tenim les estructures de la pràctica anterior, podem passar directament a aliniar amb STAMP, d'acord a com es va veure a la prac 4.2 : En primer lloc, creem un fitxer de dominis (al qual anomenarem 'domain')que contingui l'utilitzem com a input per cridar STAMP. (i que contingui el nom del directori i del arxiu que conté cadascuna de les quatre proteïnes, seguida d'un codi de quatre lletres per identificar-les en l'aliniament).

stamp -l domain -rough -n 2 -prefix subtilisinB

I ens genera subtilisinB.3... (veure prac.4.2 per més detalls sobre els outputs de STAMP)

3-Conversió a format clustal i preparació per HMMER

El següent pas es convertir l'aliniament a format clustal

aconvertMod2.pl -in b -out c < subtilisinB.3 > P11018.aln

i arreglar l'arxiu perquè sigui compatible amb HMMER (li treiem els interrogants, etc..): P11018.aln

 

4-Construcció del .hmm

A partir de l'alineament en format estructural en format clustal, utilitzarem hmmbuild per a construir el model de Markov de l'aliniament. (veure practica 3.2)

hmmbuild hmm3.hmm P11018.aln

Ara hem d'aliniar les estructures d'acord amb l'hmm.

hmmalign hmm3.hmm listapF > listapfhmm.alh

I ja tenim un aliniament estructural de les proteínes que ens permetrà construir un model.

 

---

<<                                                    >>