Pràctica 5.4- Modelat de seqüències IV: Evaluació del model amb Procheck
Pràctiques de Biologia Estructural- Carlos Masdeu Ávila- Nia=16965
<<                                                    >>

         Ara que ja tenim models creats, utilitzarem el software Procheck per evaluar si els angles i forces de torsió dels àtoms són possibles, a més de si hi ha superposicions espacials, etc...

Comprovació de la mínima resolució
Per utilitzar-lo, hem de mirar abans quina és la resolució més grollera d'entre totes les estructures que han contribuit a formar el model.
En el nostre cas, la resolució corresponent a cadascuna de les estructures és:

'1ak9'  1.8
'1scjA' 2.0
'1ubnA' 2.4
'1sca'  2.0

(Per tant, la més grollera és 2.4)

Execució de Procheck
Procheck es pot cridar de varies maneres. Es pot crear un arxiu 'list' on constint els noms de les estructures a analitzar, i també es pot cridar de la següent manera (per analitzar només una estructura):

procheck_single <estructura> resolució

Per avaluar cada model, procheck emet 10 arxius en format postscript i un resum en format text (amb el format *.sum).

Outputs de Procheck
        Com s'ha mencionat prèviament, Procheck emet 10 outputs en format postscript:

1. Ramachandran plot
2. Gly & Pro Ramachandran plots
3. Chi1-Chi2 plots
4. Main-chain parameters
5. Side-chain parameters
6. Residue properties
7. Main-chain bond length distributions
8. Main-chain bond angle distributions
9. RMS distances from planarity
10. Distorted geometry plots

       Tots són informatius d'un paràmetre o altre important per avaluar correctament el model, però aquí només analitzarem dos: Ramachandran y el resum (summary)

Representació en plot de Ramachandran:

Aquesta representació situa, sobre l'eix Y, els graus de l'angle Psi, i a l'eix X, els graus de l'angle Phi de l'enllaç peptídic per a cada residu de la proteïna. Així, podem situar sobre les dos dimensions qualsevol residu, en funció del grau dels dos angles abans mencionats.        La utilitat d'aquesta representació resideix en què està descrit quines posicions són estèricament 'permeses' i quines no, de tal manera que en funció del tipus de zona on s'ubiqui el residu que estem avaluant, podem predir si està ben model·lat o no.        Una proteína perfectament model·lada no deuria tenir gaire cap ocurrència a les zones 'blanques' ('NOT ALLOWED') i molt poques a les zones beix, tal com mostra la foto d'exemple.        Quan un residu està en una posició no permesa o 'incòmoda', Procheck ens el pinta de vermell i ens diu tipus de residu i nombre, perquè el podem localitzar i corregir (si es pot).

Summary:

 +----------<<<  P  R  O  C  H  E  C  K     S  U  M  M  A  R  Y  >>>----------+
 |                                                                            |
 | clustal2.mod   2.4                                            319 residues |
 |                                                                            |
*| Ramachandran plot:   88.2% core   10.0% allow    0.7% gener    1.1% disall |
 |                                                                            |
*| All Ramachandrans:   10 labelled residues (out of 317)                     |
+| Chi1-chi2 plots:      4 labelled residues (out of 180)                     |
 | Main-chain params:    6 better     0 inside      0 worse                   |
 | Side-chain params:    5 better     0 inside      0 worse                   |
 |                                                                            |
*| Residue properties: Max.deviation:     4.6              Bad contacts:    9 |
*|                     Bond len/angle:    6.5    Morris et al class:  1  1  2 |
+|     1 cis-peptides                                                         |
 | G-factors           Dihedrals:  -0.05  Covalent:  -0.26    Overall:  -0.12 |
 |                                                                            |
 | M/c bond lengths: 98.8% within limits   1.2% highlighted                   |
*| M/c bond angles:  92.6% within limits   7.4% highlighted       2 off graph |
 | Planar groups:   100.0% within limits   0.0% highlighted                   |
 |                                                                            |
 +----------------------------------------------------------------------------+
   + May be worth investigating further.  * Worth investigating further.

       El summary es un arxiu en format *.sum que ens resumeix les dades de tots els paràmetres que han estat calculats, i ens ho presenta de manera breu perquè es pugui fer una avaluació ràpida.
D'entre tots els valors que apareixen, els més importants són:

*Ramachandran plot: (corresponent a la representació continguda als arxius *_01.ps). Indica els percentatges de residus que es troben a cadascuna de les regions:
      core (residus que estan en posicions favorables)
      allow (residus que estan en posicions permeses)
      gener (residus que estan en posicions permeses, si som "generosos")
      disall (residus que de cap manera estan en posicions permeses)
*Bad contacts: Ens indica quants àtoms estan en posicions en les que col·lisionarien amb un altre