Pràctica 6- Evaluació d'estructures amb ProsaII
Pràctiques de Biologia Estructural- Carlos Masdeu Ávila- Nia=16965
<<                                                    >>

1-Introducció: Els potencials estadístics

           Observant qualsevol biblioteca d'estructures podem veure què residu està relativament a prop d'un altre residu, així com quins residus tendeixen a trobar-se sempre allunyats l'un de l'altre. Per exemple, dos glutàmics (carrega -), és més probable que estiguin separats. Si agafem totes les proteïnes conegudes, podem calcular la probabilitat de que dos glutamics estiguin a una distància determinada. Si fas l'invers d'aquesta probabilitat, tens una gràfica d'energia potencial, en forma de v. Pots fer servir un concepte de termodinàmica estadística:

P=(1/z)(e^(-E/kT))
E= -KTlnP + KTlnZ

         A aquestes energies potencials se les diu potencials estadístics. Si tu agafes la teva proteïna i saps a quina distancia tens dos glutàmics, pots calcular l'energia per aquests glutamics a la distancia a la que es troben, i de la mateixa manera podries calcular l'energia de tota la proteina, simplement sumant la energia corresponent a cada parell a la respectiva distància.
        Si aquests residus estiguessin en una posició "còmoda",estarien en valors negatius, i si no estiguessin bé, tindries un pic d'energia positiva, que et diria que allò no està bé (no estaria d'acord amb la estadística).

Així, mitjançant una representació d'aquest tipus es poden extreure tres coses:
-comprovar que estructures estan ben fetes (modeller)
-comprovar estructures cristal·logràfiques .pdb
-construir models sense tenir ni idea de la estructura. (tu tens seqüència i no coneixes estructura. la proves dins un pdb i mires com està la energia. Vas descartant les que quedin pitjor, i la què millor que et quedi, te la quedes).

2-ProsaII

         ProsaII és un programa que permet avaluar quant favorable energèticament és el plegament d'una determinada estructura. Pot calcular diverses paràmetres energètics i representar-los en una gràfica, de manera que nosaltres podem veure quins són els residus problemàtics del nostre model, i per quina raó.

         Un cop executat, pot rebre comandes des del teclat, però nosaltres l'utilitzarem amb les comandes ja escrites a un arxiu ('arxius de sessio'), que li donarem com a input.
Un exemple de 'sessió' de comandes de prosa és el següent:

Si volguessim comparar, per exemple, el model clustal1.mod i el model clustal2.mod, hauriem de carregar totes dues estructures, cadascuna en com a un objecte diferent, d'aquesta manera:

També existeixen aquestes altres comandes: