DESCRIPCIÓ DEL PROGRAMA

El programa té dues parts. La primera es el buscontp.pl  i la segona Comparator.pl.

El buscontp.pl:
Busca a una base de dades de pdb les proteïnes amb un nucleotid en la seva cristalització.

El Comparator.pl:
Examina aquests pdbs i ens diu a quina distancia estan els atoms del nucleòtid dels residus de la
proteina. Agafa una distància mínima de 5 A i ens calcula quina es la proporció en que es troba cada residu
en les proximitats de determinat àtom del nucleòtid. Això ho fa per cada un dels àtoms del nucleòtid.
Després compara aquestes proporcions una proteïna en concret, és a dir, amb els residus que estan
aprop de cada àtom del nucleòtid de la proteïna que volem examinar. Fa una multiplicació de les propor-
cions abans esmentades, conseguint un nombre que representa la probabilitat de trobar uns residus com
els de la proteïna examinada entre totes les proteïnes que presenten un nucleòtid igual en la base de
dades de pdb.

PASSOS DEL PROGRAMA
 

El buscontp.pl:
Obre la base de dades que hem introduït com a paràmetre.

El Comparator.pl:
Extreu un a un els pdbs de l'output del buscontp.pl, els llegeix i, si hi ha el nucleòtid que volem trobar, ens
emmagatzema la seva posició en el pdb i la seva posició espaial.
  -Funcio Radiator: Calcula la distancia des del s àtoms del nucleòtid fins cada un dels residus de la proteïna.
  Si és  inferior a 5 A, ens emmagatzema el residu concret en una matriu on també hi és l'àtom proper del
  nucleòtid.
  -Funció Proporcions: Després agafa aquesta matriu i calcula la proporció en que es troba cada nucleòtid en
 les proximitats de cada àtom del nucleòtid. Ens retorna una taula on apareixen aquestes proporcions, en tant
 per 1.
 -Funció Radiatorprot: Ens calcula el mateix que la funció radiator, però per la proteïna que volem examinar.
 -Funció Comparator: Ens compara els residus que estan aprop dels àtoms del nucleòtid de la proteïna que
 volem examinar (l'output de la funció Radiatorprot) amb les proporcions que hem obtingut a la funció
 Proporcions, calculant la possibilitat de trobar aquests residus en una proteïna qualsevol que tingui el nucleòtid.
 

RESULTATS DEL PROGRAMA

Aquí tenim els links per baixar el programa:
 buscontp.pl
 Comparator.pl

El primer que heu de fer es fer correr el buscontp.pl de la següent manera:

./buscontp.pl (adreça de la base de dades) (nom del nucleotid) > (fitxer d'output)

Ex:
./buscontp.pl /disc9/DB/pdb ATP > ATPs.txt

Obtindreu un output semblant a aquest:
 ATPs.txt

Aquí us mostro el pdb d'una proteïna de la familia de les Aminoacil tRNA Sintetases. Es de la classe I, la  mateixa
classe que les Tyrosil Aminoacil tRNA Sintetases. He escollit aquesta proteïna per provar el programa a falta de
Aminoacil tRNA Sintetases cristal·litzades amb ATP, ja que és necessari que l'ATP sigui present al pdb.
 pdb1gtr.ent

Ara haurem de passar el Comparator.pl amb la següent comanda:

./Comparator.pl (output del buscontp.pl) (proteina a analitzar) (nucleotid)

Ex:
./Comparator.pl ATPs.txt pdb1gtr.ent ATP

I obtindreu un output com el següent:
 outcomparator.txt