OBJECTIUS
1.-Fes servir STAMP per obtenir un alineament múltiple de estructures.
Fes servir STAMP per alinear les globine-like de la pràctica 4.1 i compara l’alineament de seqüència amb l’aleniament d’estructura.
2.-Analitza la classificació de SCOP .
Escull un plegament beta-propeller i un plegament de immunoglobulina de SCOP amb un mínim de cinc estructures i fes la superposició dels membres de la família, la superfamília i el plegament amb al menys cinc estructures.

STAMP
STAMP és un programa a partir d'una llista de pdb's genera una superposició d'estructures, calcula el valor de RMS y genera un alineament estructural optimitzat. Es basa en l'aplicació d'algoritmes de programació dinàmica d'alineaments de seqüències, però en comptes de seqüències utilitza estructures i en comptes d'aminoàcids, distàncies euclídes. Alineant distàncies, alineem estructures. A diferència de Xam, aquí l'alineament no és manual.
En aquesta pràctica realitzarem un alineament utilitzant una superposició inicial aproximada (Alignment using an initial rough superimposition). Aquest mètode evita tenir que crear un alineament de seqüències inicial, treballant amb proteïnes homologues o que tinguin longituds similars tot i que no tinguin similaritat el la seqüència. Les globines amb les que treballarem són d'una longitud similar i la superposició inicial serà suficientment acurada per a utilitzar l'STAMP, pot ser obtingudes fent l'alineament del extrem N-terminal de les seqüències i utilitza qualsevol equivalència per a realitzar la superposició inicial.

-Pràctica:
Entrem en el shell tcsh. Executem les variables locals cshrc.
Creem el directori de treball, i hi l'arxiu necessari per a realitzar les pràctiques:
  $ cp -r /disc9/practica_4/STAMP/EXAMPLES/globin.tar .
Descomprimim l'arxiu copiat:
  $ tar xvf globin.tar
Generem l'arxiu de text globin.domains, que utilitzarem com a input de l'STAMP
Executem STAMP amb aquest arxiu:
  $ stamp -l globin.domains -rought -n 2 -prefix globin
Obtenim els següents outputs:
    globin.1
    globin.2
    globin.3
    globin.4
    globin.5
Mirarem l'arxiu globin.5,per a observar l'alineament i transformacions. Observem que l'alineament es vertical. Els ? fan referència a l’estructura secundària q al no haber-la introduït, el programa no la a tingut en compte. Aquest alineament l'haurem de transformar en vertical. Utilitzarem l'script aconvertMod2.pl:
  $ aconvertMod2.pl -in b -out c < globin.5 > globin.align
Hem generat un arxiu amb l'alineament horitzontal: globin.align
Ara volem veure l'estructura de globin.5. Crearem el fitxer pdb globin.5.pdb:
  $ transform -f globin.5 -g -o globin.5.pdb
Obrim el globin.5.pdb amb rasmol. Obtenim la imatge globin.rgb. Amb el Gimp editem la imatge i la gravem en format gif: globin.gif .