El segon model el realitzaré amb les mateixes seqüències trobades amb PSI-Blast quan he realitzat el model basat en Clustalw (veure model basat en clustalw ).
| PROTEÏNES SELECCIONADES PER FER EL MODEL | ||
|---|---|---|
| Referència | E-value | Font |
| 1scja | 4e-81 | PDB |
| 1aqn | 3e-77 | PDB |
| 1bh6a | 3e-77 | PDB |
D'aquestes, al model final li manca 1aqn. Això es deu a què el model basat en Clustalw està fet amb una versió més antiga del Modeller que sí accepta aquesta seqüència, mentre que el model basat en HMM està fet amb una versió més nova del Modeller que no l'accepta.
Primerament executaré Stamp per obtenir un alineament estructural de les seqüències. Per fer-ho, crearé l'arxiu .domains (veure arxiu .domains ) que Stamp precisa i a continuació l'executaré:
Prendré l'arxiu homol52.2, que conté el darrer alineament, i li aplicaré aconvertMod2 per donar-li un format que HMM accepti:
Això genera un alineament en el que a sota les seqüències aparèixen sèries d'interrogants (veure alineament ). Per poder aplicar HMM se li han d'eliminar les files d'interrogants així com la que s'inicia amb la paraula space (veure alineament modificat ).
Amb aquest arxiu executaré hmmbuild per crear el perfil de HMM a partir de l'alineament d'Stamp:
A continuació crearé un arxiu amb la seqüència problema i els templates (veure arxiu ) i executaré hmmalign per alinear-los a partir del perfil creat (veure alineament ):
Una vegada executat l'alineament faré el model. Per fer-ho, primerament canviaré el format de l'alineament mitjançant el programa aconvertMod2.pl:
A continuació, modificaré l'arxiu p7.top (donat com a exemple) per adequar-lo a les seqüències i arxius del meu model (veure arxiu.top), i executaré Modeller:
Modeller genera dos models, que al llarg dels diferents anàlisis anomenaré Model 2.1 i Model 2.2:
| Model 2.1 | Model 2.2 | |
 | 
| |
| click to enlarge | click to enlarge | |
| click to see file | click to see file |
