Logo
Information on SUBCLASS 5.10.1
Subclass Accession number: 4898
Subclass: 5.10.1 PSSM
Type: HH alpha-alpha
DB: ArchDB95

Image coordinates: Rasmol PDB Jmol PDB
Consensus coordinates: Rasmol PDB Jmol PDB
Number of loops: 12

Average sequence ID (%) : 21.3 +/- 22.4
Average RMSD (Å) : 0.792 +/- 0.198

Consensus geometry
d (Å): 17 delta (°): 90-135 theta (°): 45-90 rho (°): 135-180
Consensus Sequence: XXGXphXhp
(φψ)-conformation: aagbbppaa
Pattern: x[aglpvw]x[aikmt][G]x[dknrwy][ALPTV][dpst][ailmpv][DEGPS][egqst][ailv]x
Conservation:-0.425-0.672-0.410-0.1523.324-0.588-0.4340.035-0.013-0.3610.320-0.0450.020-0.598
Loops included in this Subclass
LoopPDBChainStartEndSequenceSec StructRamachandran
1dxr_M_2411dxr   M251264RWTIGFNATIESVHHHHHS----HHHHHaaaavbbxbaaaaa
1eys_M_2421eys   M252265RWTMGFNATMESIHHHHHS----TTHHHaaaavbbbbaaaaa
1ezv_A_3821ezv   A393406VLIKGSKLSLGEAFHHHHSS---HHHHHaaaavbbxxaaaaa
1hl2_A_1401hl2   A140153PARSGVKLTLDQINHHHH-----HHHHHaaaavxxxxaaaaa
1hr6_B_3911hr6   B402415VVTTGKRLSPEEVFHHHHSS---HHHHHaaaavbbxxaaaaa
1l0l_B_3751l0l   B386399ALAAGSYTPPSTVLHHHHSS---HHHHHaaaavbbbxaaaaa
1nqk_A_1131nqk   A116129LAGDGVFLDHSERYHHHHT----TTHHHaaaagbbbxaaaaa
1o5k_A_1351o5k   A135148PGRTGVNVLPETAAHHHHS----HHHHHaaaavbbxxaaaaa
1on3_A_2061on3   A210223KSVTGEDVTADELGHHHH-----HHHHHaaaavxbbxaaaaa
1rhc_A_1091rhc   A113126VPVTGEWPSVPVRQHHHH-----HHHHHaaaavbbwxaaaaa
1rzh_M_2431rzh   M253266RWTMGFNATMEGIHHHHHS----TTHHHaaaavbbbbaaaaa
1s5t_A_1361s5t   A136149PSRTGCDLLPETVGHHHHS----HHHHHaaaavbbxxaaaaa
PDB ligands within a cut-off distance of 6 Å in this subclass
LoopPDBChainLigandsResidue
1dxr_M_2411dxr   M     MQ9MENAQUINONE-9 V - 243
1dxr_M_2411dxr   M     MQ9MENAQUINONE-9 A - 246
1dxr_M_2411dxr   M     MQ9MENAQUINONE-9 A - 247
1dxr_M_2411dxr   M     BPBBACTERIOPHEOPHYTIN B F - 249
1dxr_M_2411dxr   M     BPBBACTERIOPHEOPHYTIN B W - 250
1dxr_M_2411dxr   M     MQ9MENAQUINONE-9 W - 250
1dxr_M_2411dxr   M     MQ9MENAQUINONE-9 R - 251
1dxr_M_2411dxr   M     BPBBACTERIOPHEOPHYTIN B T - 253
1dxr_M_2411dxr   M     MQ9MENAQUINONE-9 T - 253
1dxr_M_2411dxr   M     BPBBACTERIOPHEOPHYTIN B I - 254
1dxr_M_2411dxr   M     MQ9MENAQUINONE-9 I - 254
1dxr_M_2411dxr   M     LDALAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE I - 254
1dxr_M_2411dxr   M     MQ9MENAQUINONE-9 G - 255
1dxr_M_2411dxr   M     LDALAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE G - 255
1dxr_M_2411dxr   M     MQ9MENAQUINONE-9 F - 256
1dxr_M_2411dxr   M     LDALAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE F - 256
1dxr_M_2411dxr   M     MQ9MENAQUINONE-9 N - 257
1dxr_M_2411dxr   M     MQ9MENAQUINONE-9 A - 258
1dxr_M_2411dxr   M     MQ9MENAQUINONE-9 T - 259
1dxr_M_2411dxr   M     FE2FE (II) ION I - 260
1dxr_M_2411dxr   M     MQ9MENAQUINONE-9 I - 260
1dxr_M_2411dxr   M     FE2FE (II) ION V - 263
1dxr_M_2411dxr   M     MQ9MENAQUINONE-9 V - 263
1dxr_M_2411dxr   M     FE2FE (II) ION H - 264
1dxr_M_2411dxr   M     MQ9MENAQUINONE-9 W - 266
1dxr_M_2411dxr   M     LDALAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE W - 266
1dxr_M_2411dxr   M     BCBBACTERIOCHLOROPHYLL B F - 270
1dxr_M_2411dxr   M     BPBBACTERIOPHEOPHYTIN B F - 270
1dxr_M_2411dxr   M     MQ9MENAQUINONE-9 F - 270
1dxr_M_2411dxr   M     LDALAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE F - 270
1dxr_M_2411dxr   M     BPBBACTERIOPHEOPHYTIN B S - 271
1dxr_M_2411dxr   M     BPBBACTERIOPHEOPHYTIN B L - 272
1dxr_M_2411dxr   M     BCBBACTERIOCHLOROPHYLL B V - 274
1dxr_M_2411dxr   M     BPBBACTERIOPHEOPHYTIN B V - 274
1dxr_M_2411dxr   M     BCBBACTERIOCHLOROPHYLL B M - 275
1dxr_M_2411dxr   M     BPBBACTERIOPHEOPHYTIN B M - 275
1dxr_M_2411dxr   M     BCBBACTERIOCHLOROPHYLL B S - 277
1dxr_M_2411dxr   M     BCBBACTERIOCHLOROPHYLL B A - 278
1dxr_M_2411dxr   M     BCBBACTERIOCHLOROPHYLL B S - 279
1dxr_M_2411dxr   M     BCBBACTERIOCHLOROPHYLL B G - 281
1dxr_M_2411dxr   M     BCBBACTERIOCHLOROPHYLL B I - 282
1eys_M_2421eys   M     MQ8MENAQUINONE 8 A - 243
1eys_M_2421eys   M     MQ8MENAQUINONE 8 A - 244
1eys_M_2421eys   M     MQ8MENAQUINONE 8 A - 247
1eys_M_2421eys   M     MQ8MENAQUINONE 8 A - 248
1eys_M_2421eys   M     BPHBACTERIOPHEOPHYTIN A F - 250
1eys_M_2421eys   M     BPHBACTERIOPHEOPHYTIN A W - 251
1eys_M_2421eys   M     MQ8MENAQUINONE 8 W - 251
1eys_M_2421eys   M     PEFDI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE R - 252
1eys_M_2421eys   M     BPHBACTERIOPHEOPHYTIN A T - 254
1eys_M_2421eys   M     MQ8MENAQUINONE 8 T - 254
1eys_M_2421eys   M     BPHBACTERIOPHEOPHYTIN A M - 255
1eys_M_2421eys   M     MQ8MENAQUINONE 8 M - 255
1eys_M_2421eys   M     PEFDI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE M - 255
1eys_M_2421eys   M     MQ8MENAQUINONE 8 G - 256
1eys_M_2421eys   M     PEFDI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE G - 256
1eys_M_2421eys   M     MQ8MENAQUINONE 8 F - 257
1eys_M_2421eys   M     PEFDI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE F - 257
1eys_M_2421eys   M     MQ8MENAQUINONE 8 N - 258
1eys_M_2421eys   M     PEFDI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE N - 258
1eys_M_2421eys   M     MQ8MENAQUINONE 8 A - 259
1eys_M_2421eys   M     MQ8MENAQUINONE 8 T - 260
1eys_M_2421eys   M     FEFE (III) ION M - 261
1eys_M_2421eys   M     MQ8MENAQUINONE 8 M - 261
1eys_M_2421eys   M     FEFE (III) ION I - 264
1eys_M_2421eys   M     MQ8MENAQUINONE 8 I - 264
1eys_M_2421eys   M     FEFE (III) ION H - 265
1eys_M_2421eys   M     BGLB-2-OCTYLGLUCOSIDE R - 266
1eys_M_2421eys   M     MQ8MENAQUINONE 8 W - 267
1eys_M_2421eys   M     PEFDI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE W - 267
1eys_M_2421eys   M     BGLB-2-OCTYLGLUCOSIDE W - 269
1eys_M_2421eys   M     BGLB-2-OCTYLGLUCOSIDE W - 270
1eys_M_2421eys   M     BPHBACTERIOPHEOPHYTIN A A - 272
1eys_M_2421eys   M     BPHBACTERIOPHEOPHYTIN A V - 273
1eys_M_2421eys   M     BCLBACTERIOCHLOROPHYLL A T - 275
1eys_M_2421eys   M     BPHBACTERIOPHEOPHYTIN A T - 275
1eys_M_2421eys   M     BCLBACTERIOCHLOROPHYLL A V - 276
1eys_M_2421eys   M     BPHBACTERIOPHEOPHYTIN A V - 276
1eys_M_2421eys   M     BCLBACTERIOCHLOROPHYLL A T - 278
1eys_M_2421eys   M     BCLBACTERIOCHLOROPHYLL A A - 279
1eys_M_2421eys   M     BCLBACTERIOCHLOROPHYLL A G - 280
1eys_M_2421eys   M     BCLBACTERIOCHLOROPHYLL A I - 281
1eys_M_2421eys   M     BCLBACTERIOCHLOROPHYLL A G - 282
1eys_M_2421eys   M     BCLBACTERIOCHLOROPHYLL A I - 283
1on3_A_2061on3   A     MCAMETHYLMALONYL-COENZYME A Q - 207
1on3_A_2061on3   A     DXXMETHYLMALONIC ACID Q - 207
1on3_A_2061on3   A     DXXMETHYLMALONIC ACID V - 208
1rhc_A_1091rhc   A     F42COENZYME F420 N - 111
1rhc_A_1091rhc   A     ACNACETONE N - 111
1rhc_A_1091rhc   A     F42COENZYME F420 E - 112
1rhc_A_1091rhc   A     F42COENZYME F420 V - 122
1rhc_A_1091rhc   A     F42COENZYME F420 R - 125
1rhc_A_1091rhc   A     F42COENZYME F420 Q - 126
1rzh_M_2431rzh   M     U10UBIQUINONE-10 A - 245
1rzh_M_2431rzh   M     U10UBIQUINONE-10 A - 248
1rzh_M_2431rzh   M     U10UBIQUINONE-10 A - 249
1rzh_M_2431rzh   M     U10UBIQUINONE-10 L - 250
1rzh_M_2431rzh   M     BPHBACTERIOPHEOPHYTIN A F - 251
1rzh_M_2431rzh   M     BPHBACTERIOPHEOPHYTIN A W - 252
1rzh_M_2431rzh   M     U10UBIQUINONE-10 W - 252
1rzh_M_2431rzh   M     U10UBIQUINONE-10 R - 253
1rzh_M_2431rzh   M     LDALAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE R - 253
1rzh_M_2431rzh   M     HTOHEPTANE-1,2,3-TRIOL R - 253
1rzh_M_2431rzh   M     BPHBACTERIOPHEOPHYTIN A T - 255
1rzh_M_2431rzh   M     U10UBIQUINONE-10 T - 255
1rzh_M_2431rzh   M     BPHBACTERIOPHEOPHYTIN A M - 256
1rzh_M_2431rzh   M     U10UBIQUINONE-10 M - 256
1rzh_M_2431rzh   M     HTOHEPTANE-1,2,3-TRIOL M - 256
1rzh_M_2431rzh   M     U10UBIQUINONE-10 G - 257
1rzh_M_2431rzh   M     LDALAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE G - 257
1rzh_M_2431rzh   M     HTOHEPTANE-1,2,3-TRIOL G - 257
1rzh_M_2431rzh   M     U10UBIQUINONE-10 F - 258
1rzh_M_2431rzh   M     LDALAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE F - 258
1rzh_M_2431rzh   M     HTOHEPTANE-1,2,3-TRIOL F - 258
1rzh_M_2431rzh   M     U10UBIQUINONE-10 N - 259
1rzh_M_2431rzh   M     U10UBIQUINONE-10 A - 260
1rzh_M_2431rzh   M     U10UBIQUINONE-10 T - 261
1rzh_M_2431rzh   M     FE2FE (II) ION M - 262
1rzh_M_2431rzh   M     U10UBIQUINONE-10 M - 262
1rzh_M_2431rzh   M     CDLCARDIOLIPIN E - 263
1rzh_M_2431rzh   M     FE2FE (II) ION I - 265
1rzh_M_2431rzh   M     U10UBIQUINONE-10 I - 265
1rzh_M_2431rzh   M     FE2FE (II) ION H - 266
1rzh_M_2431rzh   M     U10UBIQUINONE-10 H - 266
1rzh_M_2431rzh   M     CDLCARDIOLIPIN R - 267
1rzh_M_2431rzh   M     U10UBIQUINONE-10 W - 268
1rzh_M_2431rzh   M     LDALAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE W - 268
1rzh_M_2431rzh   M     CDLCARDIOLIPIN I - 270
1rzh_M_2431rzh   M     LDALAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE W - 271
1rzh_M_2431rzh   M     CDLCARDIOLIPIN W - 271
1rzh_M_2431rzh   M     BCLBACTERIOCHLOROPHYLL A M - 272
1rzh_M_2431rzh   M     U10UBIQUINONE-10 M - 272
1rzh_M_2431rzh   M     LDALAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE M - 272
1rzh_M_2431rzh   M     BPHBACTERIOPHEOPHYTIN A A - 273
1rzh_M_2431rzh   M     BPHBACTERIOPHEOPHYTIN A V - 274
1rzh_M_2431rzh   M     CDLCARDIOLIPIN V - 274
1rzh_M_2431rzh   M     BPHBACTERIOPHEOPHYTIN A L - 275
1rzh_M_2431rzh   M     LDALAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE L - 275
1rzh_M_2431rzh   M     BCLBACTERIOCHLOROPHYLL A T - 277
1rzh_M_2431rzh   M     BPHBACTERIOPHEOPHYTIN A T - 277
1rzh_M_2431rzh   M     CDLCARDIOLIPIN L - 278
1rzh_M_2431rzh   M     BCLBACTERIOCHLOROPHYLL A T - 279
1rzh_M_2431rzh   M     BCLBACTERIOCHLOROPHYLL A G - 281
1rzh_M_2431rzh   M     BCLBACTERIOCHLOROPHYLL A I - 282
1rzh_M_2431rzh   M     CDLCARDIOLIPIN I - 282
1rzh_M_2431rzh   M     BCLBACTERIOCHLOROPHYLL A G - 283
1rzh_M_2431rzh   M     BCLBACTERIOCHLOROPHYLL A I - 284

Clusters included in this Subclass
CLUSTER: HH.4.86
CLUSTER: HH.6.24