LŽobjectiu dŽaquesta pràctica és, un cop familiaritzats amb el programa Rasmol (veure pràctica 1), es tracta dŽestudiar diferents proteïnes i avaluar-ne la seva estructura. Rasmol, com ja sŽha dit anteriorment, és un programa dissenyat per a visualitzar estructures en format .pdb (entre dŽaltres possibles formats) i poder-les modificar per tal de destacar-ne els detalls més rellevants: estructura, cadenes, tipus de plegament... DŽigual forma que en lŽanterior pràctica (veure pràctica 1), podem importar les imatges que nŽobtinguem amb un editor dŽimatge (GIMP...)
Les comandes que hem utilitzat durant la pràctica han estat les següents:
A continuació sŽexemplificaran diverses estructures model, per tal dŽarribar a estudiar els diferents motius estructurals, i després saber-ho aplicar en la pràctica.
$ rasmol globin
$ rasmol barril-beta
$ rasmol sandwich-greek-key
$ rasmol propeller
$ rasmol jelly-roll
$ rasmol open-sheet
$ rasmol tim-barril
$ rasmol problema
A continuació es mostren deu exemples dŽestructures .pdb. Tot clicant la imatge petita, apareix informació sobre lŽestructura que adopta, així com la disposició dels residus polars i hidrofòbics.
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||
