Extending signalling pathways with protein-interaction networks. Application to apoptosis.


Extending signalling pathways with protein-interaction networks. Application to apoptosis.
Joan Planas-Iglesias, Emre Guney, Javier Garcia-Garcia, Kevin A. Robertson, Sobia Raza, Tom C. Freeman, Peter Ghazal and Baldo Oliva.
OMICS. 2012 May;16(5):245-56. Epub 2012 Mar 2. (PMID: 22385281)

New candidates found in Experimental expansion network at orthology filter at JEV = 1e-20 for FF, iALD combinated scoring methods

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Annotated function Keyword validation new candidates ProMiner validation new candidates
automated transcript 137 154
annotated by orthology 9 19
interacts with nucleic acid 19 23
signaling pathways 24 32
folding related 1 3
other 22 32
Total 212 263

Keyword validation new candidates ProMiner validation new candidates
KS6A1_HUMAN KS6A1_HUMAN
Q7Z7F1_HUMAN Q7Z7F1_HUMAN
Q5JTE7_HUMAN Q96B16_HUMAN
ZN646_HUMAN Q6FHL2_HUMAN
Q96EK7_HUMAN Q6PD60_HUMAN
Q5JTM4_HUMAN Q96EK7_HUMAN
Q9BUZ3_HUMAN RYBP_HUMAN
NF2L2_HUMAN Q9BUZ3_HUMAN
NTHL1_HUMAN Q53R94_HUMAN
RIR2_HUMAN NF2L2_HUMAN
Q53GN5_HUMAN NTHL1_HUMAN
HSPB1_HUMAN RIR2_HUMAN
Q69BL8_HUMAN FOXO3_HUMAN
Q6PI38_HUMAN Q69BL8_HUMAN
Q53QD8_HUMAN Q6PI38_HUMAN
TAOK3_HUMAN Q53QD8_HUMAN
ERCC3_HUMAN Q2TB78_HUMAN
M4K5_HUMAN TAOK3_HUMAN
Q8TAW9_HUMAN ERCC3_HUMAN
B2L12_HUMAN M4K5_HUMAN
SYQ_HUMAN BMF_HUMAN
TBK1_HUMAN Q8TAW9_HUMAN
1433S_HUMAN B2L12_HUMAN
AKT2_HUMAN SYQ_HUMAN
Q53T51_HUMAN Q4G156_HUMAN
Q3SY13_HUMAN TBK1_HUMAN
Q3LRW3_HUMAN BIRC3_HUMAN
Q71T04_HUMAN 1433S_HUMAN
Q5JTE9_HUMAN AKT2_HUMAN
Q53SF9_HUMAN Q53T51_HUMAN
Q9BZL0_HUMAN Q658U1_HUMAN
Q6NW12_HUMAN Q8IUA4_HUMAN
HIF1A_HUMAN Q3SY13_HUMAN
Q16526_HUMAN MOAP1_HUMAN
NCB5R_HUMAN Q71T04_HUMAN
MIZF_HUMAN Q5JTE9_HUMAN
Q2TB79_HUMAN Q53SF9_HUMAN
Q86SI0_HUMAN O75807_HUMAN
Q5SQL5_HUMAN Q6NW12_HUMAN
PIN1_HUMAN HIF1A_HUMAN
M4K3_HUMAN Q16526_HUMAN
Q9BTG7_HUMAN BIRC2_HUMAN
Q5SQL2_HUMAN Q5JTM4_HUMAN
Q69BM2_HUMAN TNAP3_HUMAN
DVL2_HUMAN DAPK3_HUMAN
CABL2_HUMAN Q496K2_HUMAN
Q8N632_HUMAN Q2TB79_HUMAN
Q8N634_HUMAN Q86SI0_HUMAN
Q53QD5_HUMAN Q5SQL5_HUMAN
TISB_HUMAN BBC3_HUMAN
Q93046_HUMAN M4K3_HUMAN
Q96C41_HUMAN NCB5R_HUMAN
Q5TAV5_HUMAN Q6FI29_HUMAN
DYL2_HUMAN Q9BTG7_HUMAN
Q9BQ59_HUMAN Q5SQL2_HUMAN
Q6P2H9_HUMAN Q5BKZ4_HUMAN
HS90A_HUMAN DVL2_HUMAN
Q96GK1_HUMAN CABL2_HUMAN
Q5T5T6_HUMAN Q6IPN0_HUMAN
PLK3_HUMAN CARD4_HUMAN
FBW1B_HUMAN Q8N632_HUMAN
CYB5_HUMAN Q5JTE7_HUMAN
Q5SQL1_HUMAN TNR3_HUMAN
NUCL_HUMAN Q5JUN9_HUMAN
Q7LG56_HUMAN DEDD_HUMAN
PIAS1_HUMAN TISB_HUMAN
Q3LRW1_HUMAN Q93046_HUMAN
IKBB_HUMAN PSN1_HUMAN
Q96AW5_HUMAN Q5TAV5_HUMAN
Q69BM3_HUMAN Q9BR32_HUMAN
Q3LRW2_HUMAN Q9BQ59_HUMAN
Q5ZPJ1_HUMAN HIPK3_HUMAN
Q8WXU1_HUMAN O75569_HUMAN
Q69BM5_HUMAN HS90A_HUMAN
Q9BQF7_HUMAN Q96GK1_HUMAN
TS101_HUMAN Q5T5T6_HUMAN
ROAA_HUMAN BIRC8_HUMAN
Q6IAX4_HUMAN Q6F4C0_HUMAN
Q6Q322_HUMAN PLK3_HUMAN
Q8N1C6_HUMAN FBW1B_HUMAN
P2AA_HUMAN Q5T3J9_HUMAN
HMG2_HUMAN CYB5_HUMAN
Q4VXV5_HUMAN Q5SQL1_HUMAN
NEMO_HUMAN Q53SY1_HUMAN
CUL1_HUMAN NUCL_HUMAN
Q96EC6_HUMAN Q7L7Q8_HUMAN
Q12800_HUMAN Q7LG56_HUMAN
MK09_HUMAN ADT1_HUMAN
Q5BKZ4_HUMAN PIAS1_HUMAN
Q6Y4Q7_HUMAN IKBB_HUMAN
MK01_HUMAN HIPK2_HUMAN
IPYR_HUMAN DYL2_HUMAN
Q7Z4M9_HUMAN BCLW_HUMAN
MK03_HUMAN Q69BM3_HUMAN
Q9NS52_HUMAN FKBP8_HUMAN
AP2A_HUMAN Q69BM5_HUMAN
ADT1_HUMAN BIK_HUMAN
ZN205_HUMAN Q9BQF7_HUMAN
Q6I9Y7_HUMAN TR10C_HUMAN
Q5JTM3_HUMAN TS101_HUMAN
PARP3_HUMAN GSPT1_HUMAN
CCNH_HUMAN RBX2_HUMAN
Q69BL9_HUMAN ROAA_HUMAN
Q5T1L8_HUMAN Q6IAX4_HUMAN
TNR11_HUMAN Q6Q322_HUMAN
Q5T3J9_HUMAN STK4_HUMAN
HIPK1_HUMAN Q8N1C6_HUMAN
SYSM_HUMAN P2AA_HUMAN
Q502X2_HUMAN HMG2_HUMAN
ERCC2_HUMAN Q4VXV5_HUMAN
Q8IY86_HUMAN BIRC5_HUMAN
Q49AR7_HUMAN NEMO_HUMAN
TANK_HUMAN Q6NVY4_HUMAN
Q96G48_HUMAN Q96EC6_HUMAN
Q6GSS3_HUMAN BNIP1_HUMAN
Q9NNY7_HUMAN Q12800_HUMAN
Q5T1L7_HUMAN Q69BM2_HUMAN
Q8N717_HUMAN B2L14_HUMAN
Q5ZEZ1_HUMAN PARVG_HUMAN
Q5T9G8_HUMAN Q6Y4Q7_HUMAN
Q6JSD9_HUMAN MK01_HUMAN
Q69BL7_HUMAN ERN1_HUMAN
PPA5_HUMAN Q7Z4M9_HUMAN
NEO1_HUMAN PEA15_HUMAN
Q53TC8_HUMAN Q9NS52_HUMAN
RFX3_HUMAN AP2A_HUMAN
Q96SH0_HUMAN IPYR_HUMAN
PERI_HUMAN ZN205_HUMAN
Q96SH1_HUMAN BAG1_HUMAN
Q5JTF1_HUMAN Q6I9Y7_HUMAN
BCN1_HUMAN Q5JTM3_HUMAN
Q6IQ37_HUMAN PARP3_HUMAN
K1C18_HUMAN CCNH_HUMAN
PSN2_HUMAN Q69BL9_HUMAN
Q8WZ49_HUMAN Q5T1L8_HUMAN
Q96AW0_HUMAN Q7L7Q5_HUMAN
AIOL_HUMAN Q66K24_HUMAN
Q6GU03_HUMAN HIPK1_HUMAN
Q5SQT6_HUMAN SYSM_HUMAN
Q9UML1_HUMAN Q5VXW5_HUMAN
Q6FH51_HUMAN ERCC2_HUMAN
M3K14_HUMAN Q8IY86_HUMAN
Q5ZPJ0_HUMAN Q49AR7_HUMAN
K1C14_HUMAN TANK_HUMAN
Q4ZFV6_HUMAN Q96G48_HUMAN
FAS_HUMAN TNR11_HUMAN
Q4VXV4_HUMAN Q96C25_HUMAN
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Q53BH6_HUMAN Q5T9G8_HUMAN
KLF4_HUMAN Q5ZEZ1_HUMAN
NALP4_HUMAN Q8N717_HUMAN
Q9ULC9_HUMAN BI1_HUMAN
DP13A_HUMAN Q69BL7_HUMAN
Q5U675_HUMAN PPA5_HUMAN
Q3LRW4_HUMAN NEO1_HUMAN
Q6LD16_HUMAN Q53TC8_HUMAN
Q69BL6_HUMAN RFX3_HUMAN
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Q5STV3_HUMAN PERI_HUMAN
Q69BM1_HUMAN Q96SH1_HUMAN
Q8N574_HUMAN IASPP_HUMAN
ANTR1_HUMAN Q8N634_HUMAN
ETS1_HUMAN BCN1_HUMAN
Q6LBI3_HUMAN Q6IQ37_HUMAN
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Q5T3J6_HUMAN Q53QD5_HUMAN
Q4ZG76_HUMAN Q6T930_HUMAN
GORS2_HUMAN Q96AW0_HUMAN
Q6DC98_HUMAN AIOL_HUMAN
Q2TB78_HUMAN DP13A_HUMAN
TOP1_HUMAN BFL1_HUMAN
Q53TI5_HUMAN Q5SQT6_HUMAN
SOX30_HUMAN Q9UML1_HUMAN
Q5U007_HUMAN Q6FH51_HUMAN
AP2C_HUMAN Q96C41_HUMAN
LAM1_HUMAN M3K14_HUMAN
Q6DHV4_HUMAN BNI3L_HUMAN
Q6FI29_HUMAN Q5T1L7_HUMAN
Q6IB95_HUMAN MIZF_HUMAN
Q6FH58_HUMAN Q4ZFV6_HUMAN
UBE3A_HUMAN Q5FVE7_HUMAN
Q4VBQ6_HUMAN Q4VXV4_HUMAN
Q4VXV6_HUMAN Q99638_HUMAN
Q96RU3_HUMAN Q53BH6_HUMAN
PARP2_HUMAN KLF4_HUMAN
GSPT1_HUMAN NALP4_HUMAN
Q5JTE6_HUMAN Q53RF4_HUMAN
PARVG_HUMAN Q9ULC9_HUMAN
PGH2_HUMAN Q5VXW4_HUMAN
Q8IYN1_HUMAN Q6LD16_HUMAN
WT1_HUMAN CSEN_HUMAN
DTNB_HUMAN BAP31_HUMAN
Q69BM0_HUMAN Q69BL6_HUMAN
P2BA_HUMAN Q6P2H9_HUMAN
Q5VW83_HUMAN Q5STV3_HUMAN
CAN1_HUMAN GRAB_HUMAN
Q5JTE8_HUMAN Q5VZF1_HUMAN
Q6NR85_HUMAN Q69BM1_HUMAN
Q53SE2_HUMAN Q9HB75_HUMAN
Q5JTF0_HUMAN Q8N574_HUMAN
Q5STB2_HUMAN ANTR1_HUMAN
DYNA_HUMAN PTN13_HUMAN
STK11_HUMAN ETS1_HUMAN
KPCZ_HUMAN BNIP3_HUMAN
Q53QV1_HUMAN ZN646_HUMAN
IL1B_HUMAN Q6LBI3_HUMAN
Q5SQL3_HUMAN Q9UD77_HUMAN
ORN_HUMAN Q5T3J6_HUMAN
Q6FGB5_HUMAN FAIM2_HUMAN
Q86VR4_HUMAN Q4ZG76_HUMAN
Q9NS56_HUMAN PIN1_HUMAN
Q8NFL2_HUMAN GORS2_HUMAN
Q6DC98_HUMAN
Q5VXD6_HUMAN
Q9NRE6_HUMAN
TOP1_HUMAN
Q53TI5_HUMAN
CRADD_HUMAN
Q96AW5_HUMAN
SOX30_HUMAN
Q5U007_HUMAN
AP2C_HUMAN
LAM1_HUMAN
Q6DHV4_HUMAN
RIPK2_HUMAN
Q6IB95_HUMAN
Q6LCG1_HUMAN
IL1B_HUMAN
Q53GN5_HUMAN
UBE3A_HUMAN
Q4VBQ6_HUMAN
Q4VXV6_HUMAN
Q96RU3_HUMAN
PARP2_HUMAN
SIRT1_HUMAN
Q5JTE6_HUMAN
ORN_HUMAN
MCL1_HUMAN
Q8IYN1_HUMAN
WT1_HUMAN
HRK_HUMAN
PSN2_HUMAN
DTNB_HUMAN
Q69BM0_HUMAN
P2BA_HUMAN
Q5VW83_HUMAN
CAN1_HUMAN
Q5JTE8_HUMAN
Q53SE2_HUMAN
Q5JTF0_HUMAN
Q5STB2_HUMAN
DYNA_HUMAN
STK11_HUMAN
KPCZ_HUMAN
Q53QV1_HUMAN
Q6LCB0_HUMAN
Q5SQL3_HUMAN
GR65_HUMAN
Q6FGB5_HUMAN
Q86VR4_HUMAN
Q9NS56_HUMAN
Q5JTF1_HUMAN
Q8NFL2_HUMAN
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