Extending signalling pathways with protein-interaction networks. Application to apoptosis.


Extending signalling pathways with protein-interaction networks. Application to apoptosis.
Joan Planas-Iglesias, Emre Guney, Javier Garcia-Garcia, Kevin A. Robertson, Sobia Raza, Tom C. Freeman, Peter Ghazal and Baldo Oliva.
OMICS. 2012 May;16(5):245-56. Epub 2012 Mar 2. (PMID: 22385281)

New candidates found in Experimental expansion network for FF, iALD combinated scoring methods

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Annotated function Keyword validation new candidates ProMiner validation new candidates
automated transcript 154 170
annotated by orthology 10 20
interacts with nucleic acid 22 26
signaling pathways 30 38
folding related 1 3
other 33 44
Total 250 301

Keyword validation new candidates ProMiner validation new candidates
Q6Y4Q7_HUMAN Q6Y4Q7_HUMAN
KS6A1_HUMAN KS6A1_HUMAN
Q7Z7F1_HUMAN Q7Z7F1_HUMAN
Q5JTE7_HUMAN Q96B16_HUMAN
MK01_HUMAN Q6FHL2_HUMAN
RDS_HUMAN Q6PD60_HUMAN
Q96EK7_HUMAN RDS_HUMAN
Q5JTM4_HUMAN Q96EK7_HUMAN
Q9BUZ3_HUMAN RYBP_HUMAN
NF2L2_HUMAN Q9BUZ3_HUMAN
NTHL1_HUMAN Q53R94_HUMAN
RIR2_HUMAN NF2L2_HUMAN
Q53GN5_HUMAN NTHL1_HUMAN
Q69BL8_HUMAN RIR2_HUMAN
Q6PI38_HUMAN FOXO3_HUMAN
Q53QD8_HUMAN Q69BL8_HUMAN
TAOK3_HUMAN Q6PI38_HUMAN
ERCC3_HUMAN Q53QD8_HUMAN
M4K5_HUMAN Q2TB78_HUMAN
DNJC3_HUMAN TAOK3_HUMAN
Q8TAW9_HUMAN ERCC3_HUMAN
B2L12_HUMAN M4K5_HUMAN
PABP1_HUMAN BMF_HUMAN
SYQ_HUMAN DNJC3_HUMAN
TBK1_HUMAN Q8TAW9_HUMAN
ADT1_HUMAN B2L12_HUMAN
AKT2_HUMAN PABP1_HUMAN
Q53T51_HUMAN SYQ_HUMAN
RIR1_HUMAN Q4G156_HUMAN
Q9UPF6_HUMAN TBK1_HUMAN
Q3SY13_HUMAN BIRC3_HUMAN
Q3LRW3_HUMAN ADT1_HUMAN
Q71T04_HUMAN AKT2_HUMAN
Q5JTE9_HUMAN Q53T51_HUMAN
Q53SF9_HUMAN RIR1_HUMAN
Q5TC71_HUMAN Q658U1_HUMAN
Q9BZL0_HUMAN Q8IUA4_HUMAN
Q6NW12_HUMAN Q9UPF6_HUMAN
Q75MZ6_HUMAN Q3SY13_HUMAN
HIF1A_HUMAN MOAP1_HUMAN
Q16526_HUMAN Q71T04_HUMAN
NCB5R_HUMAN Q5JTE9_HUMAN
MIZF_HUMAN Q53SF9_HUMAN
RB33A_HUMAN Q5TC71_HUMAN
Q6DHV4_HUMAN O75807_HUMAN
Q2TB79_HUMAN Q6NW12_HUMAN
CB80_HUMAN HIF1A_HUMAN
Q4VBQ6_HUMAN Q16526_HUMAN
Q5SQL5_HUMAN BIRC2_HUMAN
PIN1_HUMAN Q5JTM4_HUMAN
M4K3_HUMAN TNAP3_HUMAN
Q9BTG7_HUMAN DAPK3_HUMAN
Q5SQL2_HUMAN RB33A_HUMAN
Q5BKZ4_HUMAN Q496K2_HUMAN
DVL2_HUMAN Q2TB79_HUMAN
SNAA_HUMAN PARP3_HUMAN
Q8N632_HUMAN Q5SQL5_HUMAN
Q8N634_HUMAN BBC3_HUMAN
Q53QD5_HUMAN M4K3_HUMAN
TISB_HUMAN NCB5R_HUMAN
Q93046_HUMAN Q6FI29_HUMAN
Q96C41_HUMAN Q9BTG7_HUMAN
Q5TAV5_HUMAN Q5SQL2_HUMAN
Q96AW5_HUMAN Q5BKZ4_HUMAN
Q6YM53_HUMAN DVL2_HUMAN
Q9BQ59_HUMAN SNAA_HUMAN
Q86SI0_HUMAN Q6IPN0_HUMAN
LEG2_HUMAN CARD4_HUMAN
HS90A_HUMAN Q8N632_HUMAN
Q96GK1_HUMAN Q5JTE7_HUMAN
Q5T5T6_HUMAN TNR3_HUMAN
PLK3_HUMAN Q5JUN9_HUMAN
FBW1B_HUMAN DEDD_HUMAN
CPNS1_HUMAN TISB_HUMAN
Q5T3J9_HUMAN Q93046_HUMAN
CYB5_HUMAN PSN1_HUMAN
APH1A_HUMAN Q5TAV5_HUMAN
LBR_HUMAN Q9BR32_HUMAN
Q5SQL1_HUMAN Q6YM53_HUMAN
NUCL_HUMAN Q9BQ59_HUMAN
Q7LG56_HUMAN HIPK3_HUMAN
PIAS1_HUMAN O75569_HUMAN
Q3LRW1_HUMAN TRAIP_HUMAN
IKBB_HUMAN LEG2_HUMAN
DYL2_HUMAN HS90A_HUMAN
Q69BM3_HUMAN Q96GK1_HUMAN
Q3LRW2_HUMAN Q5T5T6_HUMAN
Q5ZPJ1_HUMAN Q7L7Q5_HUMAN
Q8WXU1_HUMAN Q6F4C0_HUMAN
Q69BM5_HUMAN PLK3_HUMAN
Q9BQF7_HUMAN FBW1B_HUMAN
TS101_HUMAN CPNS1_HUMAN
ROAA_HUMAN Q5T3J9_HUMAN
Q6IAX4_HUMAN CYB5_HUMAN
Q6Q322_HUMAN APH1A_HUMAN
Q8N1C6_HUMAN LBR_HUMAN
P2AA_HUMAN Q5SQL1_HUMAN
HMG2_HUMAN Q53SY1_HUMAN
TLE4_HUMAN NUCL_HUMAN
Q4VXV5_HUMAN Q7L7Q8_HUMAN
NEMO_HUMAN Q7LG56_HUMAN
PKP1_HUMAN PIAS1_HUMAN
Q4VC47_HUMAN Q53QV1_HUMAN
CUL1_HUMAN IKBB_HUMAN
UB2G2_HUMAN DYL2_HUMAN
Q96EC6_HUMAN BCLW_HUMAN
Q96S80_HUMAN Q69BM3_HUMAN
Q12800_HUMAN Q96RU3_HUMAN
MK09_HUMAN Q69BM5_HUMAN
Q69BM2_HUMAN BIK_HUMAN
Q5W0X3_HUMAN Q9BQF7_HUMAN
Q96IK3_HUMAN TR10C_HUMAN
Q8MHQ1_HUMAN TS101_HUMAN
ZN646_HUMAN GSPT1_HUMAN
IPYR_HUMAN RBX2_HUMAN
Q7Z4M9_HUMAN ROAA_HUMAN
CABL2_HUMAN Q6IAX4_HUMAN
Q9NS52_HUMAN Q6Q322_HUMAN
AP2A_HUMAN STK4_HUMAN
NCBP2_HUMAN Q8N1C6_HUMAN
ZN205_HUMAN P2AA_HUMAN
Q6I9Y7_HUMAN HMG2_HUMAN
Q5JTM3_HUMAN TLE4_HUMAN
PARP3_HUMAN Q4VXV5_HUMAN
CCNH_HUMAN BIRC5_HUMAN
INP4A_HUMAN NEMO_HUMAN
Q69BL9_HUMAN Q6NVY4_HUMAN
Q5T1L8_HUMAN PKP1_HUMAN
TNR11_HUMAN Q4VC47_HUMAN
AAPK2_HUMAN MK01_HUMAN
1433S_HUMAN Q66K24_HUMAN
HIPK1_HUMAN UB2G2_HUMAN
UBP4_HUMAN Q96EC6_HUMAN
SYSM_HUMAN BNIP1_HUMAN
Q502X2_HUMAN Q12800_HUMAN
ERCC2_HUMAN Q69BM2_HUMAN
Q8IY86_HUMAN Q5W0X3_HUMAN
Q49AR7_HUMAN PARVG_HUMAN
TANK_HUMAN Q8MHQ1_HUMAN
Q96G48_HUMAN ZN646_HUMAN
Q6GSS3_HUMAN ERN1_HUMAN
Q9NNY7_HUMAN FKB1A_HUMAN
Q5T1L7_HUMAN Q7Z4M9_HUMAN
Q8N717_HUMAN CABL2_HUMAN
Q5ZEZ1_HUMAN Q9NS52_HUMAN
Q5T9G8_HUMAN IPYR_HUMAN
Q6JSD9_HUMAN NCBP2_HUMAN
Q69BL7_HUMAN ZN205_HUMAN
PPA5_HUMAN BAG1_HUMAN
KLF4_HUMAN Q6I9Y7_HUMAN
Q53TC8_HUMAN Q5JTM3_HUMAN
RFX3_HUMAN CB80_HUMAN
Q96SH0_HUMAN CCNH_HUMAN
PERI_HUMAN INP4A_HUMAN
Q96SH1_HUMAN Q69BL9_HUMAN
Q5JTF1_HUMAN Q5T1L8_HUMAN
BCN1_HUMAN BIM_HUMAN
Q6IQ37_HUMAN AAPK2_HUMAN
K1C18_HUMAN 1433S_HUMAN
PSN2_HUMAN HIPK1_HUMAN
Q8WZ49_HUMAN UBP4_HUMAN
Q96AW0_HUMAN SYSM_HUMAN
AIOL_HUMAN Q5VXW5_HUMAN
Q6GU03_HUMAN ERCC2_HUMAN
Q5T7X2_HUMAN Q8IY86_HUMAN
Q5SQT6_HUMAN Q49AR7_HUMAN
HSPB1_HUMAN TANK_HUMAN
Q6FH51_HUMAN Q96G48_HUMAN
M3K14_HUMAN TNR11_HUMAN
Q5ZPJ0_HUMAN Q96C25_HUMAN
K1C14_HUMAN Q7L7Q6_HUMAN
KCRU_HUMAN Q5T9G8_HUMAN
FAS_HUMAN Q5ZEZ1_HUMAN
Q4VXV4_HUMAN Q8N717_HUMAN
Q5T7W5_HUMAN Q86SI0_HUMAN
Q99638_HUMAN Q69BL7_HUMAN
Q53BH6_HUMAN PPA5_HUMAN
NEO1_HUMAN KLF4_HUMAN
NALP4_HUMAN Q53TC8_HUMAN
Q9ULC9_HUMAN RFX3_HUMAN
DP13A_HUMAN Q96SH0_HUMAN
Q5U675_HUMAN PERI_HUMAN
Q53SX3_HUMAN Q96SH1_HUMAN
Q6LD16_HUMAN IASPP_HUMAN
Q69BL6_HUMAN Q8N634_HUMAN
TNR17_HUMAN BCN1_HUMAN
Q6P2H9_HUMAN Q6IQ37_HUMAN
Q2XSC7_HUMAN K1C18_HUMAN
Q5STV3_HUMAN Q53QD5_HUMAN
Q69BM1_HUMAN Q6T930_HUMAN
Q8N574_HUMAN Q96S80_HUMAN
HXK1_HUMAN Q96AW0_HUMAN
ANTR1_HUMAN AIOL_HUMAN
ETS1_HUMAN DP13A_HUMAN
Q6LBI3_HUMAN BFL1_HUMAN
Q9UD77_HUMAN Q5SQT6_HUMAN
Q5T3J6_HUMAN Q9UML1_HUMAN
Q4ZG76_HUMAN Q6FH51_HUMAN
GORS2_HUMAN Q96C41_HUMAN
Q6DC98_HUMAN BI1_HUMAN
Q2TB78_HUMAN M3K14_HUMAN
Q9H8W4_HUMAN AP2A_HUMAN
TOP1_HUMAN BIRC8_HUMAN
Q53TI5_HUMAN BNI3L_HUMAN
SOX30_HUMAN Q5T1L7_HUMAN
Q5U007_HUMAN MIZF_HUMAN
AP2C_HUMAN KCRU_HUMAN
LAM1_HUMAN Q5FVE7_HUMAN
DLC2A_HUMAN Q4VXV4_HUMAN
Q6FI29_HUMAN Q5T7W5_HUMAN
Q6IB95_HUMAN Q99638_HUMAN
Q6FH58_HUMAN Q53BH6_HUMAN
TRAIP_HUMAN NEO1_HUMAN
UBE3A_HUMAN NALP4_HUMAN
Q9UML1_HUMAN Q53RF4_HUMAN
Q4VXV6_HUMAN Q5T7X2_HUMAN
Q96RU3_HUMAN Q9ULC9_HUMAN
PARP2_HUMAN Q5VXW4_HUMAN
GSPT1_HUMAN Q53SX3_HUMAN
Q5JTE6_HUMAN Q6LD16_HUMAN
MK03_HUMAN CSEN_HUMAN
PARVG_HUMAN BAP31_HUMAN
FKB1A_HUMAN Q69BL6_HUMAN
Q6FGB5_HUMAN TNR17_HUMAN
Q8IYN1_HUMAN Q6P2H9_HUMAN
WT1_HUMAN Q5STV3_HUMAN
Q3LRW4_HUMAN GRAB_HUMAN
DTNB_HUMAN Q5VZF1_HUMAN
Q69BM0_HUMAN Q69BM1_HUMAN
P2BA_HUMAN Q9HB75_HUMAN
Q5VW83_HUMAN Q8N574_HUMAN
CAN1_HUMAN HXK1_HUMAN
Q5JTE8_HUMAN ANTR1_HUMAN
Q6NR85_HUMAN PTN13_HUMAN
Q53SE2_HUMAN ETS1_HUMAN
Q5JTF0_HUMAN BNIP3_HUMAN
Q5STB2_HUMAN Q6LBI3_HUMAN
DYNA_HUMAN Q9UD77_HUMAN
STK11_HUMAN Q5T3J6_HUMAN
Q4ZFV6_HUMAN PEA15_HUMAN
KPCZ_HUMAN Q4ZG76_HUMAN
Q53QV1_HUMAN PIN1_HUMAN
Q8SNA1_HUMAN GORS2_HUMAN
IL1B_HUMAN Q6DC98_HUMAN
Q5SQL3_HUMAN Q5VXD6_HUMAN
ORN_HUMAN Q9H8W4_HUMAN
PGH2_HUMAN TOP1_HUMAN
Q86VR4_HUMAN Q53TI5_HUMAN
Q9NS56_HUMAN CRADD_HUMAN
Q8NFL2_HUMAN Q96AW5_HUMAN
SOX30_HUMAN
Q5U007_HUMAN
AP2C_HUMAN
LAM1_HUMAN
DLC2A_HUMAN
RIPK2_HUMAN
Q6IB95_HUMAN
Q6LCG1_HUMAN
Q6LCB0_HUMAN
Q53GN5_HUMAN
UBE3A_HUMAN
Q4VBQ6_HUMAN
Q4VXV6_HUMAN
FKBP8_HUMAN
PARP2_HUMAN
SIRT1_HUMAN
Q5JTE6_HUMAN
ORN_HUMAN
MCL1_HUMAN
Q6DHV4_HUMAN
Q8IYN1_HUMAN
WT1_HUMAN
HRK_HUMAN
PSN2_HUMAN
DTNB_HUMAN
Q69BM0_HUMAN
HIPK2_HUMAN
Q5VW83_HUMAN
CAN1_HUMAN
Q5JTE8_HUMAN
Q53SE2_HUMAN
Q5JTF0_HUMAN
Q5STB2_HUMAN
DYNA_HUMAN
STK11_HUMAN
Q4ZFV6_HUMAN
Q9NRE6_HUMAN
FAIM2_HUMAN
KPCZ_HUMAN
P2BA_HUMAN
Q8SNA1_HUMAN
B2L14_HUMAN
IL1B_HUMAN
Q5SQL3_HUMAN
GR65_HUMAN
Q6FGB5_HUMAN
Q86VR4_HUMAN
Q9NS56_HUMAN
Q96IK3_HUMAN
Q5JTF1_HUMAN
Q8NFL2_HUMAN
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